研究課題
１．KHP30様ファージのピロリ菌内在化に関する遺伝的解析：研究分担者（林俊治 氏）が保有するピロリ菌 約300株からKHP30様ファージ保有に関してPCRスクリーニングを行ために、研究を行った。共同研究者 林 俊治 氏より菌株の譲渡を行った。その中の菌株を現在、培養を行っている。また、PCR用の試料の調製を行っている。今後、PCRを行い、実際にファージのスクリーニングを行う予定である。２．KHP30様ファージが脱落・再内在化した菌株の網羅的mRNA発現解析：平板寒天培地を使用し、ファージ保有ピロリ菌からファージ脱落ピロリ菌、再度ファージを内在化させたピロリ菌を分離した。ピロリ菌株には、ファージを内在化するKMT83株とNY43株を使用する。種々の培養条件で分離菌を培養し（嫌気培養あるいは微好気培養）、高速シークエンサー（Illumina社MiSeq）による網羅的なmRNA発現解析（RNAseq解析）用の試料調製を行なった。今後、RNA抽出を行い、RT-PCRを行った後、高速シークエンサー用のサンプル調製を行いたい。
3: やや遅れている
令和元年３月に、ギランバレー症候群に罹患した。そのため、同年３月から１０月まで間、四肢に麻痺があり、の６か月間研究が停止した。そのため、順調に研究が進まなかった。
１．KHP30様ファージのピロリ菌内在化に関する遺伝的解析：研究分担者（林俊治 氏）が保有するピロリ菌 約300株からKHP30様ファージ保有に関してPCRスクリーニングを行う。KHP30様ファージ検出PCRプライマーを利用する。PCR陽性になった菌株からプラークアッセイ法によりファージの分離を行う。分離したファージゲノムには、ファージ内在化に関与する遺伝子に変異が入っている可能性が考えられる。そのため、高速シークエンサー（Illumina社MiSeq）を利用して、ファージを内在化したピロリ菌DNA・分離したファージDNAをそれぞれ解析し、ファージ内在化に関するファージゲノムの遺伝的変異の探索を行う。本解析には、以前報告したファージを内在するピロリ菌KMT83株とNY43株も含む。２．KHP30様ファージが脱落・再内在化した菌株の網羅的mRNA発現解析：ファージ保有ピロリ菌からファージ脱落ピロリ菌、再度ファージを内在化させたピロリ菌を高速シークエンサー（Illumina社MiSeq）による網羅的なmRNA発現解析（RNAseq解析）を行う。分離する。ピロリ菌株には、ファージを内在化するKMT83株とNY43株を使用する。次に、持続感染と変動した遺伝子群を考察し、組み換えタンパク質を作製し、マウスまたウサギにおいてポリクロ―ナル抗体を作製する。作製した抗体を利用し、ウエスタンブロットで持続感染に関与する遺伝子産物の発現を検討する。３．KHP30様ファージ内在化によるピロリ菌の持続感染能力の検討：ピロリ菌の持続感染機構に関して実験を行う。上記「研究項目２」の結果、優位に発現する遺伝子とその機能に関するin vitroの実験を行う。ピロリ菌を実験動物に接種し、ピロリ菌の胃粘膜における生存率の検討や炎症反応を組織免疫学的手法により解析する。菌株には、上記の研究項目２で作製したピロリ菌を使用する。
令和元年３月に、ギランバレー症候群に罹患した。そのため、同年３月から１０月まで間、四肢に麻痺があり、の６か月間研究が停止した。そのため、順調に研究が進まなかった。そのため、令和２年度に遅れた研究を遂行する。
すべて 2020 2019
すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 産業財産権 (1件)
Arch Virol
巻: 165 ページ: NA
10.1007/s00705-020-04577-8
Veterinary Microbiology
巻: 240 ページ: 108547～108547
10.1016/j.vetmic.2019.108547
Microbiology Resource Announcements
巻: 8 ページ: NA
10.1128/MRA.00695-19
Analytical Chemistry
巻: 91 ページ: 12352～12357
10.1021/acs.analchem.9b02715
Antimicrobial Agents and Chemotherapy
巻: 63 ページ: NA
10.1128/AAC.01088-19
Virology
巻: 537 ページ: 45～52
10.1016/j.virol.2019.08.015
Viruses
巻: 11 ページ: 769～769
10.3390/v11090769
The Journal of Antibiotics
巻: 72 ページ: 793～799
10.1038/s41429-019-0213-9
