| 研究実績の概要 |
トリプルネガティブ乳がん (Triple Negative Breast Cancer: TNBC) は異質性の高い疾患で, 明確な化学療法選択基準がないことや近年開発された分子標的薬はその効果が限定的である. そのため, TNBCのさらなる特性に基づいた新規治療薬の開発が望まれている. 我々は, これまでにNGSを用いた包括的ゲノム解析を通じて, TNBCにてエピジェネティック関連遺伝子群に変異の蓄積および高頻度の発現低下を認め, 中でも, 最も高頻度に不活化 (発現低下・変異) を認めたSALL3の分子機構を解析することで, TNBCの異質性を解明し, 治療法確立や創薬へ繋げることを目的としている.
今年度は, SALL3の発現制御機構のメチル化依存性を, 臨床検体を用いたパイロシークエンス法で明らかにした. これらの結果は, TNBC細胞株に抗メチル化剤を加えることで, 濃度依存的なSALL3の発現回復とプロモーター領域のメチル化率の低下で確認している. さらに, 公共データベースの解析から, この発現低下とプロモーター領域のメチル化率が, TNBCにおいてのみ逆相関の関係を示すこと, さらにSALL3の発現低下は無再発生存期間の短縮に寄与していることを明らかにした.
また, SALL3のゲノムワイドなメチル化調節機能を検討するために, CpG islandやプロモーター・エンハンサー領域の多くをカバーした, ターゲットメチル化シークエンスを実施した.
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
SALL3の高頻度な発現低下の制御機構を解明するために, TNBC症例を中心にSALL3のプロモーター領域のCpG islandのメチル化を, パイロシークエンス法を用いて解析することで, 非癌部と比較し癌部でメチル化の割合が亢進していることを見出した. さらにSALL3が発現低下しているTNBC細胞株を用い, 抗メチル化剤による発現制御機構のメチル化依存性も明らかにした. 興味深いことに, 公共データベースの解析から, SALL3の発現低下とプロモーター領域のメチル化率は, 全乳がんと比較し, TNBCサブタイプにおいてのみ逆相関の関係を認めること, SALL3の発現低下は無再発生存期間の短縮に寄与していることも同定した. 一方, これまでの解析から, SALL3はDNAおよびヒストンメチル化に関与する因子との結合を同定しているため, SALL3を介したCpG islandだけでなく, プロモーターやエンハンサー領域を高いカバー率で解析できる, ターゲットメチル化シーケンスを実施した.
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| 今後の研究の推進方策 |
令和元年度までにゲノムワイドなメチル化解析を実施したので, 各遺伝子のメチル化率を測定し, これまでに実施していた, 網羅的な遺伝子発現解析と併せて評価することで, SALL3の標的遺伝子の同定を試みる. さらに, 同定した遺伝子やSALL3の発現低下の意義を解析していく. 一方, SALL3の構造から転写因子として機能している可能性も考えられるので, 網羅的遺伝子発現解析から見出した候補遺伝子に対する役割について, ChIPアッセイなどを通して検証することで, TNBCの特徴付けと治療標的の同定に繋げていきたいと考えている.
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| 次年度使用額が生じた理由 |
DNMT3Aの場合と同様, SALL3のEZH2活性への影響を先に検討する予定だったが, ゲノムワイドなメチル化解析により, 標的遺伝子を同定することを優先させたため, 次年度使用額が生じた.
次年度請求額と合わせて, 同定した標的遺伝子の制御機構を検証することや, TNBCへの特徴付けを行う際に実施する生化学的実験試薬に使用する予定である.
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