| 研究課題/領域番号 |
18K07408
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分52010:内科学一般関連
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| 研究機関 | 千葉大学 |
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研究代表者 |
西村 基 千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (80400969)
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| 研究分担者 |
佐藤 守 千葉大学, 医学部附属病院, 特任准教授 (20401002)
田中 知明 千葉大学, 大学院医学研究院, 教授 (50447299)
別府 美奈子 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (70623669)
松下 一之 千葉大学, 医学部附属病院, 准教授 (90344994)
土田 祥央 日本大学, 医学部, 助手 (90410422)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 臨床検査 / microbiome / bacterial epigenetics |
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| 研究成果の概要 |
バイサルファイト法によるDNAメチル化解析でターゲットとなる変性DNAのみを選択的に増幅することに成功し従来型（サンガー法）の16S rDNA解析や菌種横断的な16S rRNA遺伝子の次世代シーケンサーによるバイオーム解析に、DNAメチル化解析を同時に組み合わせることが可能となった。
薬剤耐性株や細菌叢において本解析を進めたところ、未報告のＤＮＡメチル化や新規DNA修飾酵素の存在が確からしいことが判明した。そしてフェカリス菌陽性の臨床細菌叢に見られる細菌叢（マイクロバイオーム）解析にも成功し、DNAメチル化パターンが多様であり、複数の株が混在しているとも解釈できる結果が得られている。
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| 自由記述の分野 |
臨床検査医学
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
次世代シーケンシングの普及に伴って、検体中の核酸断片を網羅的に解析することによるバイオーム解析、いわゆるメタゲノム解析が可能となり、もっとも先進的な解析では１分子シーケンサーなどによるDNAメチル化解析と並行的にお紺われるようになっている。。しかしながらこれら核酸断片に由来する配列情報は、多く由来する菌種が不明で、細菌種同定を柱とする感染症臨床検査としては非効率的で相性が悪かった。
本研究成果は臨床検査と相性が良くその延長として可能な従来なかった"16S rDNA meta-epigenetics"とでも呼ぶべき分野の登場を示している。
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