| 研究課題/領域番号 |
18K07803
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| 研究機関 | 東京女子医科大学 |
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研究代表者 |
山本 俊至 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (20252851)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | マイクロアレイ染色体検査 / 次世代シーケンス / デジタルPCR / long sequence |
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| 研究実績の概要 |
ヒトゲノムの一次構造情報を応用したマイクロアレイや次世代シーケンス技術が広まってきたことによって、微細なゲノム構造異常を同定することが可能となった。特に、神経発達障害患者においては、このようなゲノム構造異常がしばしば発症に関わっていることが明らかになってきた。中には、リピート配列やレトロトランスポゾン挿入等、一次構造の特徴から生じたものもあるが、今のところメカニズムが明らかでない複雑なゲノム構造異常も存在する。
今年度、原因不明の神経発達障害患者について、マイクロアレイ染色体検査や次世代シーケンスによってゲノムコピー数を解析することによって、様々な染色体構造異常を明らかにしてきた。それらの異常は、デジタルPCRで確認する系を確立させた。ただ、それだけでは、切断端がどの部分と融合して染色体を再構成しているかを明らかにすることができない。これまでにすでに明らかにしてきた複雑な染色体構造変化が予想されるサンプルについて、切断端が融合していると予想される融合先の配列にプライマーを設計してlong PCRを試みるも、まったく増幅が得られなかった。デジタルPCRで切断端ギリギリまで解析を試みたが、そのような領域にはrepeat配列が多く存在しており、プライマーの設計すらうまくできなかった。そこで、Nanopore sequenceによるlong sequenceを行うこととした。1回のRunで5 Gb程度のデータが得られたが、全ゲノムを網羅するためには最低でも30 Gbが必要である。そのため、現在データを積み増ししているところである。必要なデータが得られ次第、アノテーションを行い、切断端を同定する計画である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
現在データ収集が中途の段階であり、切断端の同定には至っていないが、概ね順調に研究を進めることができている。
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| 今後の研究の推進方策 |
計画通り、データ収集を進め、データが揃った段階でアノテーションなど、配列の分析に入る。それによって切断端の確認と、構造異常の同定ができるものと考える。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
当初予定していた解析が年度内に終了できなかったが、想定の範囲内であり、全体的な研究の進捗に遅れは生じていない。
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