| 研究課題/領域番号 |
18K07904
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
飯田 宗穂 金沢大学, 附属病院, 助教 (40705604)
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| 研究分担者 |
北村 和哉 金沢大学, 附属病院, 助教 (00579633)
藤永 由佳子 金沢大学, 医学系, 教授 (60252954)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 腸内細菌叢 |
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| 研究実績の概要 |
腸内細菌叢を制御するには、細菌と細菌の相互作用を理解することが重要である。腸内のEnterococcus属は肝発癌や腸炎を促進する細菌であり、これを制御することは疾患の予防・治療につながる。しかしEnterococcus属が細菌叢の中でどのように他の細菌と相互作用するのか解明されていない。患者便、かつ肝発癌マウスモデルや腸炎マウスモデル便のメタゲノムデータを用いたネットワーク解析からEnterococcus属と共存しない細菌を同定しEnterococcusの発育を抑制する菌を推定するのが目的である。まずは、健常者、かつ肝癌患者、炎症性腸疾患患者便中に存在するEnterococcus属を分離培養することを試みた。分離培養には2種類のEnterococcus分離培地を用いた。分離培養されるEnterococcusの半数以上はEnterococccus feaciumであった。ついでEnterococcus faecalis、その他のEnterococcusが続いた。これら分離株の一部からDNAを抽出しシーケンシングを行い、E. faeciumやE. faecalisといった菌種を確定した。続いて、患者便、健常者便からDNAを抽出し、これらを次世代シーケンサーMiseqを用いて全ゲノムショットガンシーケンシングを行い、メタゲノム解析を行った。Enterococcus族は健常者便細菌叢にはあまり存在せず、肝癌患者や炎症性腸疾患患者便細菌叢には健常者に比して多く存在した。このメタゲノムデータを用いて共存する細菌について相関ネットワーク解析を実行中である。ネットワーク解析からEnterococcus属と共存しやすい細菌種と共存しにくい細菌種の候補を絞り込んでいる。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
健常者、肝癌患者、炎症性腸疾患患者便からのEnterococcus属の分離を終えた。また同患者便からDNAを抽出しメタゲノム解析のため全ゲノムショットガンシーケンシングを行い、得られたデータから相関ネットワーク解析を施行した。おおむね予定通りの進行である。
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| 今後の研究の推進方策 |
相関ネットワーク解析から、Enterococcus属、特に頻繁に分離培養されたE. faeciumやE. faecalisと共存しやすい細菌、しにくい細菌について候補をしぼり、共培養実験を実行する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
今年度はネットワーク解析など使用額のかからない解析に時間を要したため、次年度にこのネットワーク解析で新たに候補として見出したEnterococcus抑制細菌の培養、マウス内生着実験に金額を要するため次年度使用額が生じた。
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