胆道がんFFPE検体を用いたトランスクリプトーム解析による遺伝子診断

2018 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 18K07956
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 新井 康仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (80222727)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: 胆道がん / トランスクリプトーム / 分子診断 / 分子標的

研究実績の概要

本研究は、診療時に採取された腫瘍FFPE検体の残余を用いてRNAシークエンス解析を行なって臨床病理学的、分子生物学的特徴を明らかにし、胆道がんの個別化診断を開発して分子標的や免疫療法のアンブレラ型臨床試験開発に結びつけることが目標である。
本年度は、ホルマリン固定(FFPE)標本を用いた微量RNAシークエンス解析系の構築を行なった。手術凍結標本4例について、凍結標本からの高純度RNAの抽出と共にFFPE標本からFFPE-RNAを抽出し、高純度RNAではpolyA-RNAを用いた全RNAシークエンス、FFPE-RNAでは21,000と1,300遺伝子のcDNAキャプチャーによるターゲットRNAシークエンスを行なって遺伝子発現値の比較を行なった。これにより、cDNAキャプチャー法ではFFPE検体と凍結検体の遺伝子発現値の強い相関を認めた(R=0.66～0.81)。また、30検体の針生検FFPE標本から微量RNAの抽出を進めた。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

針生検FFPE標本からの微量RNAの抽出の検討とFFPE-RNAのターゲットRNAシークエンス法の評価を完了することが出来た。

今後の研究の推進方策

これまでの研究計画に変更はない。
診療時採取の腫瘍FFPE検体残余を用いた前向き研究によって、3年間で120症例の進行性胆道がんのサンプルを得る。FFPE検体からRNAを抽出し、RNAシークエンス解読を行なって遺伝子発現異常の解析同定を進める。

次年度使用額が生じた理由

繰り越しは核酸定量が未了な分の試薬費である。次年度速やかに定量を進める予定である。

研究成果

• [雑誌論文] A computational tool to detect DNA alterations tailored to formalin-fixed paraffin-embedded samples in cancer clinical sequencing (2018)
  • 著者名/発表者名: Kato M, Nakamura H, Nagai M, Kubo T, Elzawahry A, Totoki Y, Tanabe Y, Furukawa E, Miyamoto J, Sakamoto H, Matsumoto S, Sunami K, Arai Y, Suzuki Y, Yoshida T, Tsuchihara K, Tamura K, Yamamoto N, Ichikawa H, Kohno T and Shibata T
  • 雑誌名: Genome Medicine 巻: 10 ページ: 44
  • DOI: 10.1186/s13073-018-0547-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epigenetic landscape influences the liver cancer genome architecture (2018)
  • 著者名/発表者名: Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Fumihito Miura, Kenji Tatsuno, Mihoko Saito-Adachi, Hiromi Nakamura, Yasuhito Arai, Fumie Hosoda, Tomoko Urushidate, Shoko Ohashi, Wakako Mukai, Nobuyoshi Hiraoka, Hiroyuki Aburatani , Takashi Ito and Tatsuhiro Shibata
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 9 ページ: 1643
  • DOI: 10.1038/s41467-018-03999-y
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrated genetic and epigenetic analysis of myxofibrosarcoma (2018)
  • 著者名/発表者名: Koichi Ogura, Fumie Hosoda, Yasuhito Arai, Hiromi Nakamura, Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Akihiko Yoshida, Momoko Nagai, Mamoru Kato, Erika Arakawa, Wakako Mukai, Hirofumi Rokutan, Akira Kawai, Sakae Tanaka and Tatsuhiro Shibata
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 9 ページ: 2765
  • DOI: 10.1038/s41467-018-03891-9
  • 査読あり
• [学会発表] 肉腫におけるCIC遺伝子再構成の分子遺伝学的解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 新井康仁、吉田朗彦、濱 奈津子、向 和加子、知久田大史、十時 泰、小倉浩一、小林英介、元井 亨、川井 章、平岡伸介、柴田龍弘
  • 学会等名: 日本癌学会学術総会