胆道がんFFPE検体を用いたトランスクリプトーム解析による遺伝子診断

2019 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 18K07956
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 新井 康仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (80222727)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: 胆道がん / トランスクリプトーム / 分子診断 / 分子標的 / FGFR2

研究実績の概要

本研究は、バイオプシーや外科手術において診療時に採取された腫瘍ホルマリン固定(FFPE)標本の残余を用いてRNAシークエンス解析を行なって臨床病理学的、分子生物学的特徴を明らかにし、胆道がんの個別化診断を開発して分子標的や免疫療法のアンブレラ型臨床試験開発に結びつけることが目標である。
前年度の予備実験によるRNA抽出を踏まえて、本年度は針生検や外科手術からの215症例のFFPE標本からtotal RNAの抽出を進めた。用いたFFPE標本は、4um厚切片の1もしくは2枚である。215例中の199例 (92.6%) からは30ng以上のRNAが抽出できた。50検体のRNAについては、FGFR2, KRAS, IDH1を含む1385遺伝子のcDNAキャプチャー法によるターゲットRNAシークエンスを進めた。シークエンスデータの解析を進めた結果、FGFR2融合遺伝子の発現やKRAS, IDH1の変異遺伝子の発現を検出することが出来た。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

FFPE切片からのRNA抽出を安定的に行なうことは難しいが、約200症例からのRNA抽出が完了したため。

今後の研究の推進方策

これまでの研究計画に変更はない。
診療時採取の腫瘍FFPE検体残余を用いた前向き研究によって、3年間で120症例以上の進行性胆道がんのサンプルを得る。FFPE検体からRNAを抽出し、RNAシークエンス解読を行なって遺伝子発現異常の解析同定を進める。

次年度使用額が生じた理由

差額2,376円はPCR primerの合成に用いるもので、本年度すぐに使用する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] The potential application of PD-1 blockade therapy for early-stage biliary tract cancer. (2020)
  • 著者名/発表者名: Umemoto K, Togashi Y, Arai Y, Nakamura H, Takahashi S, Tanegashima T, Kato M, Nishikawa T, Sugiyama D, Kojima M, Gotohda N, Kuwata T, Ikeda M, Shibata T, Nishikawa H.
  • 雑誌名: International Immunology 巻: 32 ページ: 273
  • DOI: 10.1093/intimm/dxz080
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Expanding the clinicopathologic and molecular spectrum of BCOR-associated sarcomas in adults. (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshida A, Arai Y, Hama N, Chikuta H, Bando Y, Nakano S, Kobayashi E, Shibahara J, Fukuhara H, Komiyama M, Watanabe SI, Tamura K, Kawai A, Shibata T.
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 76 ページ: 509-520
  • DOI: 10.1111/his.14023
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sarcoma with MGA-NUTM1 fusion in the lung: an emerging entity. (2020)
  • 著者名/発表者名: Goto T, Arai Y, Shibata T, Oyama T, Yoshida A.
  • 雑誌名: Virchows Archiv 巻: 476 ページ: 317-322
  • DOI: 10.1007/s00428-019-02623-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] KMT2A (MLL) fusions in aggressive sarcomas in young adults. (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshida A, Arai Y, Tanzawa Y, Wakai S, Hama N, Kawai A, Shibata T.
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 75 ページ: 508-516
  • DOI: 10.1111/his.13926
  • 査読あり
• [学会発表] Frequency and clinicopathological characteristics of biliary tract carcinomas harboring the FGFR2-fusion gene: a prospective observational study (PRELUDE study). (2019)
  • 著者名/発表者名: M. Ikeda, Y. Maruki, M. Ueno, T. Ioka, A. Naganuma, M. Furukawa, N. Mizuno, T. Uwagawa, Y. Nakai, M. Kanai, A. Asagi, S. Shimizu, A. Miyamoto, S. Yukisawa, M. Kadokura, T. Yamanaka, Y. Arai, T. Shibata, C. Morizane, T. Okusaka.
  • 学会等名: ESMO
  • 国際学会