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2020 年度 研究成果報告書

系統的エピゲノム情報に基づく肝癌組織の細胞別デコンボリューション

研究課題

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研究課題/領域番号 18K07963
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分53010:消化器内科学関連
研究機関東京大学

研究代表者

永江 玄太  東京大学, 先端科学技術研究センター, 講師 (10587348)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
キーワード肝がん / DNAメチル化 / 微小環境
研究成果の概要

肝癌臨床組織を構成する癌細胞および非癌細胞の構成組成を、系統的エピゲノム情報を用いてバルク癌組織のデータのみから高精度に定量する手法を確立し、その有用性を検証した。混合線形モデルでデコンボリューションを行い、各種細胞の構成比率と癌細胞の純粋なメチル化率を推定した。肝臨床組織のマルチオミックス解析に実装したところ、癌組織が含む腫瘍細胞由来の割合をLUMP法で推定した結果と上皮系細胞画分とは非常によく相関することが明らかになった。バルクのメチル化データの階層的クラスタリングで同定した腫瘍細胞成分が少ないサブグループ(E4)は、CD4・CD8+T細胞や単球・マクロファージ系細胞が多い傾向がみられた。

自由記述の分野

ゲノム医学

研究成果の学術的意義や社会的意義

肝癌組織の一部には間質の増生や炎症細胞浸潤の高いものも存在するが、こうした症例はしばしば大規模プロジェクトの対象外とされてきたため、ドライバー変異を含む分子プロファイルとの関係が明らかでない。本研究課題で開発した推定法により、こうした症例も含めたあらゆる肝癌組織の分子プロファイルを対象にしうると考えられた。また、非癌細胞の構成比率を明らかにすることで、癌細胞の純粋なメチル化プロファイルを逆算することも可能となり、新たなエピゲノム制御異常が解明できる可能性がある。

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公開日: 2022-01-27  

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