| 研究課題/領域番号 |
18K09112
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| 研究機関 | 札幌医科大学 |
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研究代表者 |
濱田 修人 札幌医科大学, 医学部, 研究員 (90813626)
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| 研究分担者 |
江森 誠人 札幌医科大学, 医学部, 講師 (20580286)
塚原 智英 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (20404634)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | 軟部肉腫 / バイオマーカー |
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| 研究実績の概要 |
我々は骨軟部腫瘍における、融合型キナーゼのような癌化にも関連する融合遺伝子を同定し、転移診断、さらに新しい治療標的の確立を目指している。
中でも、これまで融合遺伝子が同定されていない類上皮肉腫における融合遺伝子の同定を行った。保存液にて保存している類上皮肉腫組織からRNAを抽出し、 次世代シークエンスを用いた融合遺伝子解析を行った。解析に用いた機器はイルミナ社cBOT, HiSeq2500を用いた。シークエンス解析は、イルミナ社指定のフローセルを使用しシークエンスを行った。Read lengthは101bpで、Paired-end, Multiplex法で行った。バイオインフォマティクス解析はリードデータのクオリティチチェック、クリーニングを行い、poly-A/T tailを除去しdeFuseとFusion Hunterを用いて融合遺伝子候補を予測した。deFuseで75融合遺伝子、Fusion Hunterで2融合遺伝子を同定した。これらの中で共通していたのは1融合遺伝子のみであった。この1融合遺伝子に関して、break pointを含む領域でRT-PCRにおいて真正性を確認を行ったが、目的となる遺伝子は検出できなかった。このため共通していない計75の融合遺伝子候補に関して、3つの類上皮肉腫細胞株を利用して、これら融合遺伝子候補の真正性の確認を進めて、融合遺伝子の同定を目指している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
治療標的になりうる軟部肉腫における融合遺伝子の同定は順調に進行しているが、プロテオミクス解析を用いて転移バイオマーカーを同定の実験が遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後候補融合遺伝子の真正性確認として、候補となる融合遺伝子の発現をRT- PCR法を用いて、数種の類上皮肉腫細胞株で確認する。さらに融合遺伝子の肉腫形成能の確認として、候補融合遺伝子を導入した3T3細胞を、ヌードマウスの皮下に移植し肉腫形成を確認する。プロテオミクス解析を用いて転移バイオマーカーを同定実験を進める。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
プロテオミクス解析を用いて転移バイオマーカーを同定実験が今年度は行えなかった。次年度に解析を予定している。
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