HPV-HNSCC全ゲノムデータを用いて新しいプライマー/プローブセットを設計した。設計されたセットは、CaSki 細胞株DNAを用いてスクリーニングし、HPV-HNSCC患者の咽頭うがい液サンプルで確認した。結果、HPV-16ゲノムのうち、 E5領域とL2領域の間で最もリード数が多く、E1領域に普遍的に存在する領域が存在した。CLIA認定の実験室環境において、2つのセットとE7セットの組み合わせにより、咽頭うがい液サンプルにおいて感度は96%(27/28)、特異度は100%(0/15)だった。結論:HPV-HNSCCにおけるHPV-16 DNA検出能を改善できた。
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