| 研究実績の概要 |
ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」は、主に塩基配列データや遺伝子発現データ解析をフリーソフトウェアRで効率的に行うための包括的な情報サイトである。本研究は、ウェブサイト (Rで)塩基配列解析の安定的な提供を目指し、①情報更新および②情報拡充を行うことを目的としている。
本サイトは、膨大な情報量を1つのページで表示させているため表示に時間がかかること、R以外のコマンドも含むためRコードの動作確認の自動化が難しいという枠組み上の問題が存在した。
今年度は、Rと比較的関係性の低い一部の項目を本サイトから分離し、「(Rで)塩基配列解析のサブ」に移行した。これにより、本サイトの表示にかかる時間を減らすと同時に、本サイト内のRコードの割合を大幅に上昇させ自動化の枠組みに近づけた。また、文言の表記ゆれやリンク切れの修正、新規項目や最新プログラムおよび原著論文の追加を行った。
これまで本サイト上では、Rコンソール画面というコマンド入力ベースの手段でデータ解析を行う枠組みを提供していた。しかしながら現実には、コマンド入力の障壁を乗り越えられないユーザが少なからず存在する。そこでRNA-seqデータ解析をグラフィカルユーザインターフェース(GUI)を通じて行うことのできるウェブツールTCC-GUI（https://github.com/swsoyee/TCC-GUI）の開発を行い、論文公開まで行うことができた（Su et al., BMC Res. Notes, 2019）。
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