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2018 年度 実施状況報告書

人工アミノ酸代謝関連酵素の全配列設計を目指した新規配列データマイニング法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 18K14391
研究機関静岡県立大学

研究代表者

中野 祥吾  静岡県立大学, 食品栄養科学部, 助教 (80748541)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
キーワード祖先型設計 / アミノ酸酸化酵素 / L-アミノ酸 / タンパク質工学
研究実績の概要

H30年度は、L-アルギニンに対して高い特異性を有するL-アルギニン酸化酵素 (AROD) の祖先型設計とその機能解析を行うことで、新規に作成した配列データベース分類法の評価を行った。まずは祖先型AROD (AncAROD) の設計に関して、以下の手順で実施した。既知のARODであるPseudomonas sp. TPU 7192由来AROD (PtAROD) の配列をBlastpで解析し、計751配列の類似配列を得た。開発した分類法を用いてPtAROD及びその類似配列を解析し、分類に重要なアミノ酸残基を4つ同定した (G15, S50, W332, T580)。これら4残基を有する配列を、Blastp解析で取得した類似配列中から選抜し、計10配列を得た。この10配列をMAFFT, MEGA, 及びFastMLを用いて解析し、3つのAncAROD配列を設計した (AncARODn0, AncARODn1 and AncARODn2)。系統解析の結果、自然界由来ARODに対してAncARODn0は進化的に最も離れており、AncARODn2は最も近いことが判明した。
次にこれら3つのAncARODを大腸菌発現系にて大量発現・精製し、酵素機能解析を実施した。結果、AncARODn0は最も耐熱性が高く、ある自然界由来ARODと比べてT1/2値が20℃以上上昇していた。その他のAncARODについても5から10℃程度、T1/2値は改善していた。また各種L-アミノ酸に対する反応性を評価したところ、AncARODn0のみL-Arg以外にもL-His, L-Phe, L-Leuなどにも反応性を有するなど、広い基質選択性を有していた。以上の結果から、ARODは基質選択性の広いL-アミノ酸酸化酵素から分子進化して、L-Argに対する高い基質特異性を獲得したと予測した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の計画通りAncARODの設計と機能解析を通して、新規配列データマイニング法の開発とその機能評価を実施できた。設計したAncARODは自然界由来ARODと比べて、耐熱性、酵素学的パラメータ (kcatおよびKm), 及び可溶性が向上するなど、産業応用に適した酵素機能改変を達成することができた。
本研究についてはアメリカ微生物学会の専門誌、Applied and Environmental Microbiology誌に受理済である。成果発表を含めその進捗状況は順調であると考えている。

今後の研究の推進方策

H31年度は、AncARODの耐熱性の向上及び基質選択性の変化が、どのようなメカニズムで生じたか解明するため、設計したARODの立体構造解析を実施する。X線結晶構造解析と部位特異的変異体の作製と酵素機能評価を通して、分子機構の解明をめざす。
またH30年度の研究遂行の過程で、AncARODn0より更に基質選択性の高いL-アミノ酸酸化酵素 (LAAO) の設計に成功した。H31年度はLAAOの機能解析と有用物質生産に向けた応用研究への展開についても検討する計画である。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Following the Evolutionary Track of a Highly Specific L-Arginine Oxidase by Reconstruction and Biochemical Analysis of Ancestral and Native Enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Nakano Shogo、Niwa Masazumi、Asano Yasuhisa、Ito Sohei
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      10.1128/AEM.00459-19

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of an Analysis Toolkit, AnalysisFMO, to Visualize Interaction Energies Generated by Fragment Molecular Orbital Calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Tokiwa Takaki、Nakano Shogo、Yamamoto Yuta、Ishikawa Takeshi、Ito Sohei、Sladek Vladimir、Fukuzawa Kaori、Mochizuki Yuji、Tokiwa Hiroaki、Misaizu Fuminori、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 59 ページ: 25~30

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.8b00649

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dual conformation of the ligand induces the partial agonistic activity of retinoid X receptor α (RXRα)2019

    • 著者名/発表者名
      Miyashita Yurina、Numoto Nobutaka、Arulmozhiraja Sundaram、Nakano Shogo、Matsuo Naoya、Shimizu Kanade、Shibahara Osamu、Fujihara Michiko、Kakuta Hiroki、Ito Sohei、Ikura Teikichi、Ito Nobutoshi、Tokiwa Hiroaki
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 593 ページ: 242~250

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13301

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Improvement of ST0452 N-Acetylglucosamine-1-Phosphate Uridyltransferase Activity by the Cooperative Effect of Two Single Mutations Identified through Structure-Based Protein Engineering2018

    • 著者名/発表者名
      Honda Yuki、Nakano Shogo、Ito Sohei、Dadashipour Mohammad、Zhang Zilian、Kawarabayasi Yutaka
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 84 ページ: e02213-18

    • DOI

      10.1128/AEM.02213-18

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Computational Molecular Docking and X-ray Crystallographic Studies of Catechins in New Drug Design Strategies.2018

    • 著者名/発表者名
      Shogo Nakano, Shin-ichi Megro, Tadashi Hase, Takuji Suzuki, Mamoru Isemura, Yoriyuki Nakamura and Sohei Ito
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 ページ: 2020

    • DOI

      10.3390/molecules23082020

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In Vitro and In Silico Studies of the Molecular Interactions of Epigallocatechin-3-O-gallate (EGCG) with Proteins That Explain the Health Benefits of Green Tea.2018

    • 著者名/発表者名
      Koichi Saeki, Sumio Hayakawa, Shogo Nakano, Sohei Ito, Yumiko Oishi, Yasuo Suzuki and Mamoru Isemura
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 ページ: 1295

    • DOI

      10.3390/molecules23061295

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Binding of Catechins to Staphylococcal Enterotoxin A2018

    • 著者名/発表者名
      Yuko Shimamura, Mio Utsumi, Chikako Hirai, Shogo Nakano, Sohei Ito, Ai Tsuji, Takeshi Ishii, Takahiro Hosoya, Toshiyuki Kan, Norio Ohashi and Shuichi Masuda
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 ページ: 1125

    • DOI

      10.3390/molecules23051125

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Benchmark Analysis of Native and Artificial NAD+-Dependent Enzymes Generated by a Sequence-Based Design Method with or without Phylogenetic Data2018

    • 著者名/発表者名
      Nakano Shogo、Motoyama Tomoharu、Miyashita Yurina、Ishizuka Yuki、Matsuo Naoya、Tokiwa Hiroaki、Shinoda Suguru、Asano Yasuhisa、Ito Sohei
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 57 ページ: 3722~3732

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00339

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 新規アミノ酸配列解析手法の開発とタンパク質工学への応用2018

    • 著者名/発表者名
      中野 祥吾
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 96 ページ: 573-577

  • [雑誌論文] タンパク質の二次構造とアミノ酸の疎水性度に基づいた凝集に関連するホットスポットの合理的同定法2018

    • 著者名/発表者名
      松井 大亮, 中野 祥吾, Mohammad Dadashipour, 浅野 泰久
    • 雑誌名

      酵素工学ニュース

      巻: 80 ページ: -

  • [学会発表] Filling a gap between computational and experimental researches through sequence-based protein design2018

    • 著者名/発表者名
      Shogo Nakano
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Pharma and Food (ICPF) 2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規アミノ酸配列解析手法、INTMSAlign の開発と応用2018

    • 著者名/発表者名
      中野 祥吾
    • 学会等名
      第138回日本薬学会大会
    • 招待講演

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公開日: 2019-12-27  

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