| 研究実績の概要 |
PI320052 × PI364475の交雑により約600のF2分離集団の種子が得られた。このうちF2分離集団99個体について自殖を行い、F3の種子を得た。このF3系統に対するメロンつる割病レース1,2y抵抗性検定を行うことでF2のF1,2y遺伝子型を推定できる。
PI320052 × PI364475のF2分離集団におけるRAD-seq及びSNP検出については、ライブラリ調製の結果、11.4ng/Lの濃度のライブラリが得られ、これらのサンプルをシーケンスにかけたところ、合計で467,632,885本のリードが得られた。このリードを各個体のリードに分け、短いリードの除去が行われ最終的にStacksの解析に用いた。F2分離集団99個体の中で最もリード数が少ないのはF2_28の538,534本、最も多いのはF2_81の5,521,180本であった。これらのリードをdenovo_map.plにかけ個体ごとに遺伝子座の検出を行った。個体ごとの遺伝子座の平均リード数（Coverage depth）は最小のCoverage depthを示したのはF2_28の8.63、最大はF2_93の23.36であった。PI 320052及びPI 364475からは173,886個の総遺伝子座と23,929個のSNPが検出された。それらの結果をもとにgenotypesによってF2分離集団のSNP検出を行った結果、99個体中70個体以上で検出できたSNPマーカーは1,548個であった。
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