| 研究課題/領域番号 |
18K14461
|
|---|
| 研究機関 | 日本大学 |
|---|
研究代表者 |
奈島 賢児 日本大学, 生物資源科学部, 講師 (30779616)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| キーワード | DNAマーカー / トランスクリプトーム解析 |
|---|
| 研究実績の概要 |
令和元年度については、ファインマッピングに利用可能なDNAマーカー開発、次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析、ゲノム配列への遺伝子アノテーション付与を実施した。
ファインマッピングに用いるためのDNAマーカーとして、SSRマーカーを2種、CAPSマーカーを10種開発した。ファインマッピングに用いる新規実生集団の取得について、当初1000個体程度としていたが、協力研究機関において十分な数を確保することができなかったため、約200個体程度の取得となった。またRAD-Seqデータの解析から、てまり咲性については集団により複数遺伝子座の関与が推定され、ファインマッピングによる詳細な座乗位置推定は困難であると考えられた。
トランスクリプトーム解析では、①てまり咲アジサイ品種「てまりてまり」、②がく咲アジサイ系統「栃木7号」、③てまり咲アジサイ3系統のバルク、④がく咲アジサイ5系統のバルクの4種から、花芽の形態形成が進む時期である9月の花芽組織をサンプリングし、RNAシークエンシングに供試した。この結果、各区において、平均約1億個のシークエンスリードを獲得した。
平成30年度に配列構築を行ったアジサイのゲノム配列について、今年度は遺伝子アノテーションの付与作業に着手した。令和2年度当初に完了予定であり、完了時にはゲノム全域の遺伝子情報が取得される予定である。遺伝子アノテーション情報取得後に、トランスクリプトームデータ解析を実施する。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
トランスクリプトーム解析のデータを取得し、ファインマッピング用のDNAマーカーを開発することができており、概ね順調である。しかし、ファインマッピングに用いる新規実生集団の取得について予定よりも大幅減となってしまったため、ファインマッピングではなく、QTL解析により見出されたQTL座乗位置近辺のコンティグを探索するよう変更する。
|
| 今後の研究の推進方策 |
最終年度である令和2年度には、トランスクリプトーム解析を実施し、てまり咲－がく咲間で有意な発現差異のある遺伝子を探索する。またゲノム配列情報を整理し遺伝子アノテーションの付与を完了させ、てまり咲QTLの座乗位置近傍にある遺伝子情報を取得する。最終的に、トランスクリプトーム解析結果、QTL近傍の遺伝子データから、てまり咲形質に関与する可能性のある遺伝子候補を提示する。
|
