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2年目である2019年度は、前年度に引き続き次世代シーケンサーを用いた一塩基多型（SNPs）の探索方法の検討を行った。対象は前年度に引き続き形態種内に多数のミトコンドリアDNAのグループが検出されるカイアシ類Pleuromamma abdominalisとし、RAD-seq法に加え、新たにMIG-seq法（Suyama & Matsuki 2015）を導入した。SNPsの探索にはRAD-seq法が一般的に用いられるが、比較的高いDNA量が要求される。一方、MIG-seq法は検出されるSNPsの数はRAD-seq法に比べて低いものの、低いDNA濃度や保存状態の悪い試料にも適用可能という利点がある。Pleuromamma abdominalisに両手法を適用し比較したところ、両手法で得られた結果は一致し、遺伝子グループ間の交雑および生殖隔離を判別することが可能であった。同一の配列数あたりのSNPsの探索能は従来の知見通りにRAD-seqが上回ったが、一方で解析に必要な高クオリティーの配列数の割合はMIG-seqのほうが高かった。MIG-seq法は、必要なSNPs情報十分に得られ、より低コストで高品質の配列を得られることから、動物プランクトンの交雑・生殖隔離を正確に把握する有用な方法であると結論付けられた。また、体長1 mm以下のカイアシ類Paracalanus sp.からもMIG-seq法によりSNPsの探索が可能であり、小型種にも同手法は適用可能であることが確かめられた。
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