本研究では、部位特異的スピンラベル電子スピン共鳴(SDSL-ESR)法を用いた。KaiB上の任意の位置にCys残基を導入し、スピンラベル(MTSSL)を化学修飾で付加した。ラベル化したKaiBとKaiAのC末端ドメインタンパク質を混合し、反応させるとKaiBからMTSSLの遊離が観察されたころから、KaiB上のKaiA相互作用部位を決定した。次に、KaiABC三者共存下でESR測定を行い、スピンラベルがいつ遊離するのかを検証した。その結果、反応開始12時間後からスピンラベルが遊離した。この結果から、KaiA-KaiBは12時間頃から相互作用を開始することが明らかになった。
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