研究課題
我々の研究ではこれまでに、高悪性度EGFR肺腺癌が微小乳頭状成分を伴うこと(Matsumura M et al. 2016 PLoS One）を示し、微小乳頭状組織亜型の悪性度を規定する分子基盤の解明を目標としてきた。さらにムチンタンパク質のひとつであるMUC21がこのような微小乳状成分に特異的に発現していること、MUC21を高発現するがん細胞はリンパ管侵襲性が極めて強く特に悪性度が高いことを明らかにし、平成30年度にはこの成果は国際誌に掲載された(Matsumura M et al. 2019 PLoS One)。本課題では、我々は、1例のEGFR肺腺癌凍結検体からマイクロダイセクションを用いて、MUC21染色陽性となる微小乳頭状成分と、MUC21染色陰性の非微小乳頭状成分、正常肺組織を単離した。それぞれからDNAを抽出し、全エクソーム解析を行った。その結果、tumor mutational burden(1MBあたりの体細胞変異の数)は微小乳頭状成分の方が非微小乳頭状成分よりも多く、微小乳頭状成分の悪性度の高さとの関連が示された。さらに、微小乳頭状成分に特異的に変異を有する1762個の体細胞遺伝子変異(1707個のsingle nucleotide variantsと55個のinsertion/deletion)を同定した。KEGG pathway解析によって、これらの候補遺伝子には、MAP signaling pathwayやcell cycleという発がんに関わる遺伝子、またproteoglycanやfocal adhesionやECM-receptor interactionなど細胞接着に関わる遺伝子が多く含まれていることが明らかになった。（松村舞依 他, 日本病理学会学術総会, 2019年）。
3: やや遅れている
微小乳頭状成分を伴うEGFR肺腺癌の凍結組織切片は希少であり、現在のところ全エクソーム解析まで持ち込めたのは1例にとどまっている。またバイオインフォマティクス解析については最良の解析手法を模索している段階であり、経験豊富な同学医学部バイオインフォマティクス解析室の研究者の協力を得ながら、手探りで進めている。我々は、ホルマリン固定・パラフィン包埋材料については微小乳頭状成分を有するEGFR肺腺癌症例を50例近く有している。仮に今後も複数の凍結組織切片が確保できない場合は、これまでの結果から微小乳頭状亜型の出現に寄与する候補遺伝群を絞り込み、ホルマリン固定・パラフィン包埋材料を対象に、変異検索を行い、目的達成を目指す。
今後は、EGFR肺腺癌の微小乳頭状成分に特異的に変異を有する1762個の遺伝子について、過去文献やデータベースも参照し、候補遺伝子10変異ほどに絞り込む。その候補遺伝子変異を、全エクソーム解析を行った同一症例に対しサンガー法で検証する。検証できた遺伝子変異について、EGFR肺腺癌30症例程度の別検体（ホルマリン固定・パラフィン包埋材料）で検証する。検証方法(研究計画書と一部内容を変更)は、次世代シークエンサーによるamplicon sequence解析を用いて、候補遺伝子の全エクソンにおける変異の頻度を調べる。これらを完遂し、高悪性度病変に特有の遺伝子異常を同定するという研究目標を達成する予定である。
本研究課題において、全エクソーム解析結果のバイオインフォマティクス解析に時間がかかっている。候補遺伝子の絞り込みを早急に進め、次年度に次世代シークエンサーによるamplicon sequence解析で、助成金を使用する予定である。
すべて 2019 2018
すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (2件)
PLOS ONE
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doi: 10.1371/journal.pone.0215237
Histology and histopathology
巻: 印刷中 ページ: 印刷中
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