研究課題
我々の研究ではこれまでに、高悪性度EGFR肺腺癌が微小乳頭状成分を伴うこと(Matsumura M et al. 2016 PLoS One）を示し、微小乳頭状組織亜型の悪性度を規定する分子基盤の解明を目標としてきた。我々はムチンタンパク質のひとつであるMUC21がこのような微小乳頭状成分に特異的に発現していること、MUC21を高発現するがん細胞はリンパ管侵襲性が極めて強く特に悪性度が高いことを明らかにした(Matsumura M et al. 2019 PLoS One)。さらに、EGFR肺腺癌凍結検体からマイクロダイセクションを用いて、MUC21染色陽性となる微小乳頭状成分と、MUC21染色陰性の非微小乳頭状成分、正常肺組織を単離し、それぞれから抽出したDNAを用いて全エクソーム解析を行った。得られたfastqファイルを使ってバイオインフォマティクス解析を行い、微小乳頭状成分に特異的に変異を有する1762個の体細胞遺伝子変異を抽出、KEGG pathway解析によって発がんや細胞接着に関わる遺伝子が多く含まれていることが解明された(松村舞依 他, 日本病理学会学術総会, 2019年）。当該年度は、これらの体細胞遺伝子変異の中から、さらなるバイオインフォマティクス解析により、変異に意味のある遺伝子(アミノ酸置換がたんぱく質の構造に与える影響の大きい変異等)を選び出し、最終的に32個の候補遺伝子(30個のsingle nucleotide variantsと2個のinsertion/deletion)に絞り込んだ（松村舞依 他, 日本癌学会学術総会, 2019年）。これらの候補遺伝子について、全エクソーム解析に用いた同一症例に対しサンガー法での検証作業を行っている。さらに今後は、症例を拡張してamplicon sequenceを行うことで、微小乳頭状組織亜型の悪性度を規定する分子基盤の解明に繋げる。
3: やや遅れている
微小乳頭状成分を伴うEGFR肺腺癌の全エクソーム解析結果について、バイオインフォマティクス解析室の先生や神奈川県立がんセンターのバイオインフォルマティシャンにご協力を仰ぎ、解析が終了した。現在は、候補遺伝子について、全エクソーム解析に用いた同一症例に対しサンガー法での検証作業を行っている。初めてのバイオインフォマティクス解析に時間を要した上、サンガー法での検証にも時間を要する等の理由から進捗が遅れている。
今後は、全エクソーム解析を行った同一症例に対しサンガー法で検証が可能であった候補遺伝子について、EGFR肺腺癌30症例程度の別検体（凍結コンパウンド材料, ホルマリン固定・パラフィン包埋材料）で検証する。検証方法(研究計画書と一部内容を変更)は、次世代シークエンサーによるamplicon sequence解析を用いて、候補遺伝子の全エクソンにおける変異の頻度を調べる。これらを完遂し、高悪性度病変に特有の遺伝子異常を同定するという研究目標を達成する予定である。
（理由）昨年度は、バイオインフォマティクス解析やサンガー法での候補遺伝子の検証に時間を要し、症例を拡張した多数症例での次世代シークエンサーによるamplicon sequence解析に進むことができなかったため、物品費の執行が滞り、残額が生じた。（使用計画）次年度は、次世代シークエンサーによるamplicon sequence解析などに物品費を支出する予定である。
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すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (3件)
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巻: 15 ページ: －
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