| 研究課題/領域番号 |
18K15107
|
|---|
| 研究機関 | 公益財団法人がん研究会 |
|---|
研究代表者 |
高松 学 公益財団法人がん研究会, がん研究所病理部, 研究員 (00750366)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| キーワード | RNA抽出 / FFPEサンプル |
|---|
| 研究実績の概要 |
この研究では、大腸鋸歯状病変(無茎性鋸歯状腺腫/ポリープ; 以下、SSA/P)について、病変から抽出したマイクロRNA (miRNA)と癌関連遺伝子の発現を統合解析することにより、発癌と関連の深いmiRNAを特定し、発癌リスクの高い鋸歯状病変のスクリーニング法を確立する。
研究代表者の所属するがん研究会で、2010年から2019年に内視鏡的に切除された大腸の鋸歯状病変SSA/PならびにSSA/P由来癌について、パラフィンブロックからマイクロダイセクションによる組織の回収を行い、回収した組織から全RNAを抽出した。
解析予定症例は、SSA/P（非癌化）7症例、SSA/P 由来癌 7症例、計14症例であるが、実際のRNA抽出の結果、一部症例の全RNAの質あるいは量が一定以下であったため、組織採取の症例を追加し合計22症例から全RNAを抽出し、その中から全RNAの質の良い14症例を選抜した。
結果として、解析対象症例における全RNA濃度は67.3～639.4ng/ul、300nt以上のRNA鎖は20～73%の範囲となった。過去2年間(2017-2019年)の症例は一定以上のRNAの質を保っていたが、それ以前(-2016年)の症例の58%(7/12例)は、RNAの断片化が目立ち、特にmRNAの解析の対象としては不適と考えられた。
SSA/P由来癌7症例のうち3症例については、SSA/P由来癌成分とSSA/P成分に加え、非腫瘍粘膜成分もマイクロダイセクションによる組織の回収および全RNA抽出を行うことで、SSA/P部と非腫瘍粘膜部の発現の差についても検討ができるようにした。
以上により、SSA/P（非癌化）7症例から7検体、SSA/P由来癌7症例から癌部7検体、SSA/P部7検体、非腫瘍粘膜3検体、合計24検体を以後の解析の対象とすることとした。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
当初の計画では2018年度に核酸デジタルカウントまで完了する予定であったが、研究実績の概要に記したように、当初設定した対象症例の収集期間(2005-2016年)においては全RNAの質が一定以下の症例が多く、これによる追加症例分のマイクロダイセクションによる組織採取および全RNA抽出に時間を要したため、全RNA抽出とその評価、最終的な解析対象症例の絞りこみまで完了となった。なお、2019年5月中にはこれらを完了見込みである。
|
| 今後の研究の推進方策 |
2019年度中に、全RNAについて核酸デジタルカウントによりmRNAとmiRNAを計測し、階層クラスタリング法によるmiRNAプロファイリングの病変別の特徴や、それらに特異的に発現上昇ないし低下しているmRNAを特定する。複数の候補が挙がる場合には、癌関連遺伝子のPathway解析も含め、より発癌に重要と考えられる候補を選定する。
2020年度には、癌化に関連の深い候補 miRNAを、 in situ ハイブリダイゼーション(ISH) 法により可視化し、その発現上昇から癌化のリスクを判定するスクリーニング法を確立する。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
核酸デジタルカウントに用いるパネル以外の消耗品や全RNA抽出に用いた試薬等は、研究代表者の所属する部署の在庫を一時的に使用したため、その分の次年度使用額が発生した。2019年度中に該当の在庫を補うため当該助成金を使用する予定である。
|
