2019 年度研究成果報告書

データベースを活用したがん体細胞バリアントの大規模機能解析

研究課題

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研究課題/領域番号	18K15305
研究種目	若手研究
配分区分	基金
審査区分	小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
研究機関	東京医科歯科大学
研究代表者	谷本幸介東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (60611613)
研究期間 (年度)	2018-04-01 – 2020-03-31
キーワード	スプライシング / がん体細胞バリアント / TCGA / データベース
研究成果の概要	公共データベースThe Cancer Genome Atlasの32のがん種にわたる9,635症例の体細胞バリアントとRNA-seqデータを用いて、Exonic Splicing Enhancer(ESE)の機能を阻害する体細胞バリアント(ESE-disrupting variants)を網羅的に特定することを試みた。その結果、646のESE-disrupting variantsが特定された。既存のツールでは病原性が高くないと推測されるバリアントであっても、ESE機能を阻害することでエクソンスキップを引き起こし、タンパク質機能に大きな影響を与える可能性があることが示唆された。
自由記述の分野	ゲノム科学
研究成果の学術的意義や社会的意義	ゲノム医療においてVariants of Uncertain Significanceと呼ばれる意義不明バリアントの存在が課題の一つであるが、本研究はスプライシング制御という観点から体細胞バリアントの意義を明らかにすることができたため、ゲノム医療推進の一助になると期待される。