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2018 年度 実施状況報告書

ミトコンドリアDNAメチローム解析による動脈硬化機序解明と動脈硬化マーカー開発

研究課題

研究課題/領域番号 18K15427
研究機関岩手医科大学

研究代表者

三上 貴浩  岩手医科大学, 医学部, 助教 (90804419)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
キーワードメチローム / 動脈硬化 / 老化
研究実績の概要

動脈硬化マーカー解析の基盤として年齢尺度のDNAマーカーを探索するため、正則性回帰モデル(elastic net)を用いたDNAメチローム解析を行った。まだ本モデルが有効かはわからないが、現在解析中である。
デモデータとして100*10000の行列を用いて、要素を0,1,2(メチル化の程度を表す)としてelastic netを行なったが、実際に年齢(行)と相関するメチル化サイト(列)を最初の100列に設定したにも関わらず、残る9900列からも年齢と相関する列が多く選ばれてしまい、nonspecificなDNAサイトも選ばれてしまうことが予想された。これを回避するために現在はbootstrapにより予め候補領域を絞り込むことを検討している。
また、年齢尺度となるDNAマーカーを探索する上で必要な解析対象の選定も行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の予定通り、年齢尺度の解析をまず行っている途中である。
bootstrap法をどのように行うかが直近の課題である。

今後の研究の推進方策

正則性回帰モデルを利用してもDNAマーカーの解析ができない場合には、他のモデルを検討する。
bootstrap法を用いて候補DNA領域をまず30万から1万程度に絞り込み、そのあとに正則性回帰モデルにより年齢と相関するDNAサイトを探索する。
同時に探索群、検証群のDNA解析も進める。

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公開日: 2019-12-27  

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