研究課題/領域番号 |
18K15889
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研究機関 | 大阪大学 |
研究代表者 |
多久和 綾子 大阪大学, 医学系研究科, 特任研究員 (50779791)
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研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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キーワード | RNAseq / 心筋症 / スプライシング異常 |
研究実績の概要 |
心筋症を主とする難治性循環器疾患には若年発症例や心移植適応となる重症例が含まれ、遺伝的な影響が強く示唆されるが、数々の大規模遺伝子解析においては高くても40%程度の原因変異同定率にとどまっている。家族歴のある症例においても同定されない例があり、現在の解析手法では見いだされない遺伝子異常が隠れている可能性が指摘されている。 そこで本課題では、原因変異同定率の改善を目的として、RNAseqによるスプライシング異常の検出を組み合わせた遺伝子解析を試みた。2019年度までに、心臓移植例を中心とした心疾患患者心筋組織のRNAseq、および、末梢血のWES(Whole Exome Sequence)を実施した。WESからスプライシング異常を引き起こす可能性のある変異の検出をし、その一部についてRNAseqで実際にスプライシングの変化があることが確認できた。それらが検出された遺伝子には、心疾患の原因遺伝子として知られている遺伝子も含まれた。一方で、WESでスプライシング領域に変異があっても、必ずしも実際のスプライシング変化は検出できず、RNAseqなしのゲノムシーケンスのみでスプライシング異常を検出するためには課題となることが示された。 また、ロングリードシーケンスによる正確なスプライシング異常の検出のため、シーケンス及び解析を試みた。シーケンスには近年ロングリードシーケンスプラットフォームとして利用が増えているMnIONを用いた。共同研究として開発中のソフトウェアを用いながら異常スプライシングの検出を試みている。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
2019年度後半に関しては、申請者の2020年度からの所属変更に伴い、自身の研究以外に割くエフォートが高くなり、本研究の進みが遅延した。さらには、世界的な新型コロナウイルスの感染拡大に伴い、医療機関を併設する所属機関の性質上勤務に対して慎重になっており、その対応にエフォートを割かれた。一方で、年度前半に関しては、前年度から引き続き順調な解析が進められ、望ましい成果を得ることもできたため、総合的には、研究はおおむね順調に進展していると判断した。
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今後の研究の推進方策 |
申請者の所属機関変更に伴い、利用できるリソースに変化があり、これまでの解析を続行することが困難となった。しかしながら、当該研究の主たる課題である病原性のあるスプライシング異常を引き起こす変異の探索は広く求められており、次の所属先でも可能なプロセスで引き続き研究を行う予定である。 新所属では、広くRNAseqやWESの解析支援を実施していく予定であり、中には本研究で目指すスプライシング異常の検出を目指すものも含まれる。そうした検体について、RNAseqとWESの相関を引き続き解析し、知見を増やしていくことで、実際にスプライシング異常につながる変異の予測精度向上をはかる。今後、より情報解析に特化したリソースの利用が可能となると予想されるため、機械学習を含む効率的なスプライシング異常の検出手法の開発も視野に入れる。 さらに、WESだけでは検出できない、イントロンへの変異を検出するために、ここ数年で大幅にコストの下がりデータ量が増えているWGS(Whole Genome Sequence)データの解析も検討する必要があると考えている。
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次年度使用額が生じた理由 |
検体採取やシーケンスのための費用が発生する予定だったが、他プロジェクトで得られたデータの再解析を行うことになり、データ保存用メディアのみの支出になったため。
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