| 研究課題/領域番号 |
18K16569
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| 研究機関 | 北里大学 |
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研究代表者 |
柴原 一陽 北里大学, 医学部, 講師 (30791016)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | 膠芽腫 / 播種 / エクソーム解析 / RNAシーケンス |
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| 研究実績の概要 |
膠芽腫の播種という病態は、非常に難治で、その病態解明も進んでいない。その一因に播種病態を解明するための最適な検体がないという問題があった。それを解決する稀少病態である初回播種膠芽腫に注目して研究を進めている。北里大学、東北大学、山形大学から症例を募り、29例のサンプル規模に到達した。全例エクソームシーケンス解析を終了した。また追加で、質の良いRNAを抽出できたサンプルは、RNAシーケンスまで行った。バイオインフォマティクス解析は、外注委託で得たfastqデータを用いて、東北大学メディカルメガバンク機構の有するスーパーコンピューターで、mappingした後、Haplotype Caller、Mutect2を用いたmutation callをし、初回播種膠芽腫に特徴的なsingle nucleotide variants(SNV)、insertion/deletion (indel)、copy number variations (CNV)を明らかにした。さらに、RNAシーケンス結果は、STARでmappingして、htseq-countを用い各遺伝子にマッピングされたリード数を計算した。コントロールとして、臨床経過中一度も播種していないサンプルからRNAシーケンスのfastqを取得し、STARでmappingし、DEseq2を用いてdifferentially expression遺伝子を解析している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
サンプル数が増えたことと、さらにプロテオミクス解析も加えた解析も行っている。
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| 今後の研究の推進方策 |
DNA,RNA,そしてタンパクを対象とし、サンプルは凍結検体、髄液と播種病態解明のための多角的解析を進めている。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
別の競争的資金を獲得したため、その使用期限が1年のみであり、そちらを優先して使用したため次年度使用額が生じました。本年は、候補変異を絞り込み、それをin vitro及び臨床検体で検証する予定である。
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