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2018 年度 実施状況報告書

全エクソーム解析とターゲット遺伝子の検索による海綿状血管腫の病因遺伝子の同定

研究課題

研究課題/領域番号 18K16574
研究機関東京女子医科大学

研究代表者

広田 健吾  東京女子医科大学, 医学部, 助教 (10532690)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
キーワード海綿状血管腫 / 次世代シーケンサー
研究実績の概要

家族性海綿状血管腫は、常染色体優性遺伝の形をとり、第7染色体長腕(7q21.2)にあるCCM1 (cerebral cavernous malformation 1)、第7染色体短腕(7p13)にあるCCM2、3番染色体長腕(3q25.2-q27)にあるCCM3の3つの遺伝子座の関与が指摘されている。近年、人種による発症頻度の違いや病因遺伝子の違いが指摘されているが、これまで日本人患者における遺伝解析は数例の報告しかない。本研究は、日本人における海綿状血管腫の遺伝解析を行い本邦での遺伝背景を明らかにするとともに、CCM遺伝子異常のない症例については、第4の病因遺伝子を探索し、発症メカニズムを解明することである。
本年度は、脊髄海綿状血管腫4例、家族性CCMの2例、また過去に既知のCCM遺伝子異常がなかった4例に対してlow throughput NGSを使用し、海綿状血管腫の原因遺伝子であるCCM1,CCM2,CCM3のターゲットリシーケンスを行った。結果、既知のCCM2遺伝子異常が1例、これまで報告されていない新規CCM2のノンセンス変異が1例がみつかった。また残りの7例については既知の遺伝子異常はなかった。7例のうち4例は、遺伝背景の強い家族性CCMの症例であり次世代シークエンサーによる全エクソームシーケンシングを行った。現在全エクソームシーケンスのデータ解析中であり、新規病因遺伝子の同定を目指している。

現在までの達成度
現在までの達成度

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究の主要な部分である、既知の遺伝子異常のないサンプルについて全エクソームシーケンスは概ね終了しており、研究計画通り進行している

今後の研究の推進方策

全エクソームシーケンスで得られたデータを用いて、第4の新規病因遺伝子同定のためデータ解析を行っていくとともに、さらなるサンプルを追加して遺伝子解析を継続していく

次年度使用額が生じた理由

既知の遺伝子解析に時間を要した結果、高密度SNPアレイによるゲノムワイドSNPジェノタイピングや全エクソーム・シーケンシングを行えていないサンプルがまだあるため次年度に予算を繰り越しとした。今後追加サンプルを含め、ゲノムワイドSNPジェノタイピングや全エクソーム・シーケンシングを行いデータ解析をする予定である。

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公開日: 2019-12-27  

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