| 研究課題/領域番号 |
18K16860
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
酒井 昭博 東海大学, 医学部, 講師 (20384886)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | 選択的スプライシング / CPSF1 / RNA-Seq |
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| 研究実績の概要 |
近年、遺伝子変異以外の発癌機構として遺伝子発現の下流である転写後調節レベルの選択的スプライシングによる発癌機構が明らかになってきており、このスプライシングによる発癌機構が頭頸部癌の発癌に重要な役割を果たしている可能性が十分ある。本研究の目的は頭頸部癌における選択的スプライシングを介した発癌機構を次世代シーケンサー解析を用いて解明し、新しい治療標的となりうるかどうか検討することである。方法として、スプライシング関連遺伝子の中から候補遺伝子を抽出し、頭頸部癌細胞株を用いて候補遺伝子の表現型を検討し、ターゲットとなる遺伝子を同定する。次にその遺伝子を導入した細胞株よりRNAを抽出し、RNA-Seq解析により、キーとなるスプライシング変異を同定する。また 同定されたスプライシング異常の発現を、TCGAデータ、細胞株を用いた生物学的サンプルで検証を行い. 細胞株を用いたスプライシング変異の機能解析を行うことにより発癌メカニズムの解明を目指している。
本年度はスプライシング関連遺伝子のうち、頭頸部癌の発がんに強く関連している可能性がある13遺伝子をTCGAデーターから抽出し、細胞株に対してノックダウンの実験を行った。その結果、CPSF1、YTHDC1、CPSF7の3つの遺伝子が、頭頸部癌に強く関わっていることが示唆された。その中でもCPSF1、YTHDC1が強いphenotypeを示していたため、その2つの遺伝子を細胞株に導入して、表現系を検討した。その結果、CPSF1が頭頚部癌に対して発癌に関与していることが示唆された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
候補遺伝子の表現型を確認する各種実験に置いて、期待通りの結果が得られたため、順調に次の段階に移ることができた。
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| 今後の研究の推進方策 |
研究計画に沿って、今後は遺伝子導入した細胞株からRNAをを抽出し、RNAシーケンス解析を行い、スプライシングの変化を詳細に見ていく予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
多くの物品、試薬が大学の研究支援センターで共有できたため、予想使用額より減額できた。また実験室の整備や研究協力者の移動などにより、実験自体の開始が遅れてしまったことも原因と考えられる。
次年度は、前年度分と合わせて、必要な消耗品購入、学会参加出張費などに充当する予定である。またRNAシーケンス解析の費用にも充当する予定である。
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