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初年度は既存のIon Ampliseq Cancer Hotspot Panel ver.2を用いて、3症例の変異解析を行い、症例特異的な変異遺伝子を同定した。しかしながら、本Panelでは腫瘍特異的な変異遺伝子の検出率が1-2個と低く、2年目よりSCCに特異的な変異を同定できるcustm SCC Panel（札幌医科大学 フロンティア医学研究所 ゲノム医科学分野 時野隆至教授との共同研究）に変更した。custom SCC Panelによる変異解析を施行し、検出可能な変異個数は1-8個と大きく増加した。合計26症例についてSCC panel解析を施行し、腫瘍組織中でVAF（variant allele frequency）の高い変異遺伝子を、各症例における症例特異的なctDNA候補遺伝子として同定した。この候補遺伝子を血中で検出するための、digital PCR用primer-probeを作成し、症例ごとにdigital PCRを行った（最終年度よりTP53の変異に対するprimer-probeについては予算削減のため、岩手医科大学 医歯薬研究所 医療開発分野 西塚先生との共同研究により同教室が保有しているprimer-probeに関しては同教室での解析をお願いした）。ctDNAの推移と臨床経過を比較し、治療効果の予測や再発の早期診断に有用かどうかを検討した。初回治療後ctDNAが陽性となった症例は7例認めたが、全例再発をきたしていた。また、ctDNAが陰性を維持している11症例は全例再発を認めなかった。しかしながら、p16陽性のHPV関連中咽頭癌に関しては総じて変異数が少なく、SCC panel解析では4例中1例しか変異遺伝子を同定できなかった。また、tumor burdenの少ないT1症例についても治療開始前の変異遺伝子の検出が困難であった。しかしながら、初回治療前にctDNAを検出できないT1症例においても、再発時にはctDNAが検出可能であり、再発モニタリングには有用な可能性が示唆された。
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