多剤耐性淋菌のゲノム解読に基づくサーベイランスと進化・伝播の解析

2021 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 18K17406
• 研究機関: 国立感染症研究所
• 研究代表者: 矢原 耕史 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 室長 (70542356)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2023-03-31
• キーワード: 薬剤耐性 / 進化 / 組換え / サーベイランス / 淋菌 / ゲノム / 疫学 / 系統

研究実績の概要

令和2年度末に出版した、日本から世界に拡散していったと考えられている二大系統（ST1901、ST7363）とそのセファロスポリン耐性遺伝子およびキノロン耐性変異の期限と進化に関する論文の内容を、国際学会NgoRSと日本ゲノム微生物学会で口頭発表した。その一方、本科研費の最後の研究計画であり、コロナの影響でペンディングとなっていた、新型（FC428型）セファロスポリン耐性遺伝子を民間検査センターの日常検査の中でスクリーニングするという計画を前に進めた。具体的には、セフトリアキソンとセフィキシムへの感受性をディスク法で検査して頂き、セフトリアキソンの阻止円径≦39mmかつセフィキシムの阻止円径≦23mmの場合に陽性株とみなし、株を感染研に輸送してゲノムを解読するという体制を構築した。令和3年度中に約100株のスクリーニングが実施され、令和3年度末までに陽性株は検出されていない（つまり当該耐性遺伝子保有株の頻度が1%未満であることは分かった）が、令和4年度も引き続きスクリーニングを継続する。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ハーバード大、オックスフォード大のトップランナーと共同で国際一流誌に論文をまとめることができ、その成果を国際学会で口頭発表することができ、コロナの影響でペンディングになっていた最後の研究計画も前に進み出した。

今後の研究の推進方策

科研費の残額が尽きるまで、民間検査会社にご協力頂く新型耐性株のスクリーニングを継続する。

次年度使用額が生じた理由

コロナの影響で民間検査会社との共同研究がペンディングになっていたため。令和3年度内にようやく前に進み出し、令和4年度に引き続き使用する。

研究成果

• [国際共同研究] ハーバード大学(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: ハーバード大学
• [国際共同研究] オックスフォード大学(英国)
  • 国名: 英国
  • 外国機関名: オックスフォード大学
• [学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes and mutations in Neisseria gonorrhoeae (2022)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: NgoRS
  • 国際学会
• [学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes in Neisseria gonorrhoeae (2022)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
• [学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes in Neisseria gonorrhoeae (2022)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: 日本細菌学会