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2020 年度 実績報告書

最適な作業領域の文法圧縮に基づく索引とストリームデータからの知識発見への応用

研究課題

研究課題/領域番号 18K18111
研究機関九州工業大学

研究代表者

高畠 嘉将  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 特任助教 (20807010)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
キーワードデータ圧縮 / 圧縮索引 / 文字列検索 / ランダムアクセス
研究実績の概要

本研究ではTBを超えて増加し続ける世代管理システムやゲノムデータベース上の繰り返しの多い文書データを高速かつ省メモリに小さく圧縮しながら,その圧縮データ上でリアルタイムのキーワード検索可能な世界最小の作業領域の圧縮索引の開発を目指しています.本年度も引き続きデータ圧縮およびその圧縮索引への応用に関する以下の二つの成果を上げています.一つ目は文法圧縮と呼ばれるデータ圧縮の中で最高の圧縮率を達成する一方で,メモリ使用量が入力データの10倍近く必要なRePairのメモリ使用量を極限まで削減した,RePairの世界初のIn-Placeアルゴリズムの理論を完成させました.In-Placeアルゴリズムは入力データと定数領域のみのメモリ使用量だけで計算するアルゴリズムです.この成果は国際会議(PSC’20)および国際学術論文誌(Algorithms’20)に採択されています.二つ目は文法圧縮上で全てのデータを復元することなく,指定の位置の部分文字列の高速復元を圧縮データサイズのメモリ使用量で実行する研究です.実用的に59GBのゲノムデータに対して,既存の手法と同等のメモリ使用量を保ちつつ約3.6倍の高速化を果たしました.この成果は国際会議(SPIRE2020)に採択されています.以上のように最終年度もデータ圧縮と目指している圧縮索引の基盤技術に関して,それぞれ,国際会議および国際学術論文誌にて発表しています.

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Dalhousie University(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      Dalhousie University
  • [国際共同研究] University of Piemonte Orientale(イタリア)

    • 国名
      イタリア
    • 外国機関名
      University of Piemonte Orientale
  • [国際共同研究] University of Chile(チリ)

    • 国名
      チリ
    • 外国機関名
      University of Chile
  • [国際共同研究] University of Siegen(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      University of Siegen
  • [雑誌論文] Re-Pair in Small Space2020

    • 著者名/発表者名
      Dominik Koppl, Tomohiro I, Isamu Furuya, Yoshimasa Takabatake, Kensuke Sakai, Keisuke Goto
    • 雑誌名

      Algorithms

      巻: 14 ページ: 1~20

    • DOI

      10.3390/a14010005

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Practical Random Access to SLP-Compressed Texts2020

    • 著者名/発表者名
      Travis Gagie, Tomohiro I, Giovanni Manzini, Gonzalo Navarro, Hiroshi Sakamoto, Louisa Seelbach Benkner, Yoshimasa Takabatake
    • 学会等名
      The 27th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE)
    • 国際学会
  • [学会発表] Re-Pair in Small Space2020

    • 著者名/発表者名
      Dominik Koppl, Tomohiro I, Isamu Furuya, Yoshimasa Takabatake, Kensuke Sakai, Keisuke Goto
    • 学会等名
      Prague Stringology Conference (PSC) 2020
    • 国際学会
  • [備考] 私(高畠嘉将)のホームページ

    • URL

      http://www.donald.ai.kyutech.ac.jp/~takabatake/

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公開日: 2021-12-27  

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