| 研究課題/領域番号 |
18K19206
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| 研究機関 | 横浜国立大学 |
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研究代表者 |
平塚 和之 横浜国立大学, 大学院環境情報研究院, 教授 (30202279)
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| 研究期間 (年度) |
2018-06-29 – 2022-03-31
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| キーワード | 病原糸状菌 / エフェクター / さび病菌 / アグロバクテリウム法 / NGS解析 |
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| 研究実績の概要 |
横浜国立大学常盤台キャンパスにおいて例年採集されてきたメダケ赤衣病菌(Stereostratum corticioides)の冬胞子の集塊を用いて、NGS解析に適した高品質DNAの精製方法について、昨年度に引き続き詳細な検討を行った。その結果、昨年度までのようにガラスホモジナイザーを手動では無く、モータードライブする方法（さび病菌等の菌類ウイルスの抽出等で用いられてきた方法）が、抽出効率の点では良好で、DNA鎖長も大きく異ならないことが判明した。また、長期保存したメダケ赤衣病菌を用いた場合では、DNAの損傷が顕著で収率が悪く、低分子化する傾向があり、そのままのDNAでは、高品質のDNA試料を用いる必要がある、長鎖解析型のDNAシーケンサーを用いた解析方法には適していないことが判明した。しかし、DNA修飾酵素を用いることで、長鎖DNAとして試料を調製することは可能であり、それらの処理によってある程度解析効率を向上させる可能性はあるとも考えられる。
アグロバクテリウムと多穴プレート（96穴または384穴）を用いた一過性発現系によるハイスループット系に関しては、昨年度までにほぼ確立したシロイヌナズナ芽生えを用いる手法に、デュアルカラーアッセイ（CaMV35Sプロモーターに既往の研究で開発してきたイントロン導入型赤色発光および緑色発光レポーター遺伝子を連結したものを用いる）を導入することにより、より精度が高い外来遺伝子導入効率の評価方法として活用出来ることを明らかにした。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
新型コロナウイルスによる業務対応等で、当初は遅れが出たが、アグロバクテリウム法に関しては想定以上の進展があったが、NGS解析の結果については間に合っていないため。
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| 今後の研究の推進方策 |
一過性解析系はほぼ確立できたと考えられるので、次年度早期にNGS解析を行い当初の目的を完遂する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
ゲノムDNAの品質が期待したほど良好なものが得られず、限られた予算でNGS解析を実施するには不安があったため、無理に2020年度中に実施することはせず、最良の状態で効率良いDNA解析を実施した方が良いと判断したため。
外注先を吟味し、効率良くNGS解析を実施する。
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