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2019 年度 実績報告書

単一細胞超高解像度解析を可能にするゲノム3次元構造解析技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 18K19432
研究機関九州大学

研究代表者

原田 哲仁  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (60596823)

研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2020-03-31
キーワードゲノム生物 / エピゲノム
研究実績の概要

我々は、骨格筋分化における遺伝子の空間的配置は「増殖段階における遺伝子発現抑制」と「分化過程における転写誘導」の2役を担う遺伝子発現制御機構として必須であることを報告している(Harada et al, NAR, 2015)。また、近年、癌形成過程で遺伝子の空間配置が変化することが明らかとなり、組織レベルでの一細胞内遺伝子空間配置情報の解明が喫緊の課題となっているが、heterogeneityを持つ細胞群では1細胞ごとのデータを取得し解析する技術が実用レベルでは存在していない。本研究では、精度の高い空間配置情報を安定的に得るために、ハイスループットな1細胞空間配置解析手法である3D-ChILの開発を行っている。昨年度の本研究の3D-ChILTの開発において根幹となるゲノムDNAへのTn5トランスポゼースを用いた標識法について論文化(Harada et al, NCB, 2019)を行った。昨年度に引き続きcombinatorial indexing法を用いた3D-ChILT法の確立のために、原型となるChIL法のハイスループット化を進めた。現在96indexを用いたChIL法が可能となっており、本手法を取り入れることで3D-ChILT法のパイロット版が準備できると期待される。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (2件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Chromatin-bound CRM1 recruits SET-Nup214 and NPM1c onto HOX clusters causing aberrant HOX expression in leukemia cells.2019

    • 著者名/発表者名
      Oka M, Mura S, Otani M, Miyamoto Y, Nogami J, Maehara K, Harada A, Tachibana T, Yoneda Y, Ohkawa Y.
    • 雑誌名

      Elife

      巻: 8 ページ: pii: e46667

    • DOI

      doi: 10.7554/eLife.46667.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sustained expression of HeyL is critical for the proliferation of muscle stem cells in overloaded muscle.2019

    • 著者名/発表者名
      Fukuda S, Kaneshige A, Kaji T, Noguchi YT, Takemoto Y, Zhang L, Tsujikawa K, Kokubo H, Uezumi A, Maehara K, Harada A, Ohkawa Y, Fukada SI.
    • 雑誌名

      Elife

      巻: 8 ページ: pii: e48284

    • DOI

      doi: 10.7554/eLife.48284.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biochemical analysis of nucleosome targeting by Tn5 transposase.2019

    • 著者名/発表者名
      Sato S, Arimura Y, Kujirai T, Harada A, Maehara K, Nogami J, Ohkawa Y, Kurumizaka H.
    • 雑誌名

      Open Biol.

      巻: 9 ページ: 190116

    • DOI

      doi: 10.1098/rsob.190116.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 組織切片を用いたエピゲノム解析2020

    • 著者名/発表者名
      原田 哲仁, 前原 一満, 田中 かおり, 半田 哲也, 木村 宏, 大川 恭行
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
  • [学会発表] ヒストンH3バリアントの選択的取り込みによる組織特異的な遺伝子発現制御2019

    • 著者名/発表者名
      原田 哲仁, 小松 哲郎, 前原 一満, 近藤 友佳理, 田中 かおり, 桑門 温子, 佐藤 優子, 木村 宏, 林 克彦, 小野 悠介, 竹本 龍也, 胡桃坂 仁志, 大川 恭行
    • 学会等名
      第47回日本分子生物学会年会
  • [図書] シングルセルゲノミクス 「クロマチン挿入標識法(ChIL)による単一細胞エピゲノム解析」2019

    • 著者名/発表者名
      原田哲仁, 大川恭行
    • 総ページ数
      219
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-0383-1
  • [産業財産権] 対象核酸の塩基配列を1細胞レベルで並列に検出する方法2020

    • 発明者名
      大川 恭行、原田哲仁
    • 権利者名
      国立大学法人九州大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2020-017027

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公開日: 2021-01-27  

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