| 研究課題/領域番号 |
18K19621
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| 研究機関 | 京都府立医科大学 |
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研究代表者 |
木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
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| 研究分担者 |
上田 真由美 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (60398386)
岡田 随象 大阪大学, 医学系研究科, 教授 (70727411)
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| 研究期間 (年度) |
2018-06-29 – 2020-03-31
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| キーワード | Whole genome sequence / De Novo mutation |
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| 研究実績の概要 |
本年度は、SJSが極めて稀な発症である事から新生変異の可能性に着目して全ゲノムシークエンス解析を用いた新規疾患関連遺伝子の探索を行った。
4trio、12sampleを対象にWhole genome sequenceを行い、まずはDe Novo mutationと推定されるvariantを同定した。その中からSJSに関連している可能性があるvariantとして、下記の3パターンを考えた。①GWASで報告のあるSJS関連遺伝子上、もしくは近傍にあるもの ②複数の家系で共通した領域（遺伝子上、または遺伝子間）に認めたもの ③exonに認めたもの
①に関しては、原因薬剤を限定せず、全てのSJSに関する報告遺伝子を対象とした。・1家系（SJS200）で、IKZF1の上流領域にDNM候補を認めた。（IKZF1までの距離：86,444bp）
②に関しては、2つの領域（いずれも遺伝子間）が2家系に共通して認めた。(3家系や4家系に共通した領域というものはなかった)・SJS121とSJS192の家系で、PTPRD-AS2 と TYRP1の遺伝子間にDNM候補を認めた。（両者のvariantの距離：1,040,249bp）・SJS192 とSJS200の家系で、KCNG1とNFATC2の遺伝子間にDNM候補を認めた。（両者のvariantの距離：123,300bp）
③に関して・1家系（SJS192）で、MIOSのexon領域にDNM候補を認めた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
上記のように、いくつかの新生変異の候補を見つけており、おおむね順調に進展している
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| 今後の研究の推進方策 |
予定通り新しく見出された疾患関連遺伝素因は、今まで同定された遺伝素因と合わせHLA遺伝子多型に着目した遺伝子多型間相互作用解析を行う予定である
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| 次年度使用額が生じた理由 |
家系内の新生変異の検出については、他のプロジェクトで得たデータを使用することができましたため、翌年のそのほかの疾患関連遺伝子の解析に使用することとしたため
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