今後の研究の推進方策 |
・ハードウエアの開発:1024ウエルのMMVチップからのサンプルをハンドリングできる100ウエルのMMVチップ(ウエルのサイズは縦横1.6 mm、深さ1 mm)を設計する。MMVチップの作製には3Dプリンター(Ultimaker 3, Netherlands)を用いる。まず、0.4 mmあるいは0.25 mmのノズルを用いて、縦横0.5 mm、深さ1 mmのウエルをプリントする。チップが十分平らであるか、でこぼこがないかについて、注意を払う。3Dプリントの各種パラメーター(Layer height, Infill, Top/bottom thickness, Line width, Infill speed, Wall line count, Wall speed, Top/bottom speed, Travel speed, Print acceleration, Travel acceleration, Printing temperature, Retraction distance)を最適化する。マイクロTGGEについては、まず、従来の装置を用いて、2サンプルを泳動する。今後、そのためのチップを作製する。 ・ソフトウエアの開発:一つ一つの軌跡に対して、シグモイド関数のパラメーターを変更しつつ、フィッティングに関する評価関数の値を求め、その値により軌跡を推定する処理を組み込む。基本的なアイデアは、ハフ変換で使用する関数をシグモイド関数としたものである。 ・ハードとソフトの融合:2018年度はTwist社から販売されているキットを用いてRPAの評価を行った。今後は、自家製造した酵素を用いてRPAを実現させ、各種評価を行う。また、「革新GPデータベース」の構築に向けて、配列既知の複数のPCR増幅断片に対してTGGEを行い、配列の違いが変曲点に与える影響について解析する。
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