| 研究課題/領域番号 |
18K19839
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分62:応用情報学およびその関連分野
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
保川 清 京都大学, 農学研究科, 教授 (30397559)
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| 研究分担者 |
ビヤニ マニッシュ 北陸先端科学技術大学院大学, エクセレントコア推進本部, 特任教授 (00599780)
吉高 淳夫 北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 准教授 (60263729)
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| 研究期間 (年度) |
2018-06-29 – 2021-03-31
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| キーワード | ゲノムプロフィリング / PCR / リコンビナーゼポリメラーゼ増幅法 / RPA / 温度勾配ゲル電気泳動 / 画像処理 / 変曲点 / データベース |
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| 研究成果の概要 |
ゲノムプロフィリング（GP）法はゲノムの一部の遺伝子断片群をランダムPCRにより増幅し、増幅産物を温度勾配ゲル電気泳動（TGGE）にかけ、泳動パターンを得て、コントロールと比較することにより、配列関連情報をシーケンシングせずに取得する方法である。本研究では、複数のTGGEを同時に行えるMultiple TGGEを開発した。また、TGGEの泳動パターンを追跡するソフトを開発し、変曲点を検出できるようにした。さらに、等温増幅法であるリコンビナーゼポリメラーゼ増幅法を用いて目的のDNA断片を増幅させる技術を構築した。そして、TGGEの泳動パターンの違いにより、DNA断片中の1塩基の変異を検出した。
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| 自由記述の分野 |
酵素化学
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
種々の細胞、組織、個体、あるいは腸内や土壌などの微生物群集に対し、特定の遺伝子群に導入された変異を定量的に検出したり、これらを種々の環境下に置いた時にそのゲノムがどう変動するか、どの遺伝子が発現するかを高精度かつ迅速に計測したりすることは、生物学、農学、医学において基盤的に重要である。本研究では、従来マニュアル操作であったGP法をハードウエアとソフトウエアの両面から改良した。その結果、画像情報を高速に取得し、GP法を変異原性解析等の各種用途への応用や、GP法の画像情報とDNA配列情報を関連づけたデータベースの構築につなげる道を切り開いた。
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