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2020 年度 実施状況報告書

ウイルスを摂動とする病態発現原理のマルチオミクス解析とその包括的理解

研究課題

研究課題/領域番号 18KK0447
研究機関東京大学

研究代表者

佐藤 佳  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10593684)

研究期間 (年度) 2019 – 2021
キーワードシステムウイルス学
研究実績の概要

本研究では、ウイルスおよびウイルス由来エレメントによる病態発現機構について、実験ウイルス学(ウェット研究)とマルチオミクスデータのバイオインフォマティクス解析(ドライ研究)のアプローチからの解明を目的とする、学際融合研究である。計画1については、エイズウイルス感染動物モデルを用いたウイルス学実験(ウェット研究)を実施し、その検体のマルチオミクスデータを取得した。そして、得られたデータのマルチオミクス解析(ドライ研究)により、ウイルスの感染病態を規定するさまざまな細胞性因子の同定と制御ネットワークの描出に成功している。本年度は、この研究成果をまとめ、論文化した(Aso et al., Cell Rep, 2020)。計画2については、計画1で得られたデータとがん患者臨床検体の大規模マルチオミクス解析(ドライ研究)により、内在性レトロウイルスに由来する遺伝子発現制御エレメントが、細胞の抑制性転写因子ファミリーの発現を正に制御し、がんの形質を規定する遺伝子群の発現制御に関わる可能性を見出した。すなわち、ウイルスに由来するエレメントが、がんの形質・病態の制御に関与している可能性を示唆するデータを得た。さらに、公共データを用いた大規模メタゲノム解析(ドライ研究)により、内在性レトロウイルスが、ほ乳類の進化の過程において、ウイルス抵抗遺伝子であるAPOBEC3遺伝子ファミリーの進化を促進する推進力となっていることを明らかにし、論文化した(Ito, Gifford, Sato, PNAS, 2020)。
予定していた渡航と研究打ち合わせは、新型コロナウイルスのパンデミックにより実行できなかったため、オンライン会議を実施することで代替した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

新型コロナウイルスのパンデミックにより、予定していた海外研究機関への渡航が実行できなかったため。研究が停滞しないよう、オンライン会議を定期的に実施し、代替した。

今後の研究の推進方策

新型コロナウイルスのパンデミックが継続しているため、R3年度も渡航は困難であると予想される。研究が停滞しないよう、引き続きオンライン会議を定期的に実施し、代替する。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 4件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Inherited chromosomally integrated HHV-6 possibly modulates human gene expression2020

    • 著者名/発表者名
      Kumata Ryuichi、Ito Jumpei、Sato Kei
    • 雑誌名

      Virus Genes

      巻: 56 ページ: 386~389

    • DOI

      10.1007/s11262-020-01745-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A tissue level atlas of the healthy human virome2020

    • 著者名/発表者名
      Kumata Ryuichi、Ito Jumpei、Takahashi Kenta、Suzuki Tadaki、Sato Kei
    • 雑誌名

      BMC Biology

      巻: 18 ページ: 55

    • DOI

      10.1186/s12915-020-00785-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiomics Investigation Revealing the Characteristics of HIV-1-Infected Cells In Vivo2020

    • 著者名/発表者名
      Aso Hirofumi、Nagaoka Shumpei、Kawakami Eiryo、Ito Jumpei、Islam Saiful、Tan Benjy Jek Yang、Nakaoka Shinji、Ashizaki Koichi、Shiroguchi Katsuyuki、Suzuki Yutaka、Satou Yorifumi、Koyanagi Yoshio、Sato Kei
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 32 ページ: 107887

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107887

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A role for gorilla APOBEC3G in shaping lentivirus evolution including transmission to humans2020

    • 著者名/発表者名
      Nakano et al
    • 雑誌名

      PLOS Pathogens

      巻: 16 ページ: 1008812

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1008812

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Endogenous retroviruses drive KRAB zinc-finger protein family expression for tumor suppression2020

    • 著者名/発表者名
      Ito Jumpei、Kimura Izumi、Soper Andrew、Coudray Alexandre、Koyanagi Yoshio、Nakaoka Hirofumi、Inoue Ituro、Turelli Priscilla、Trono Didier、Sato Kei
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 ページ: 3020

    • DOI

      10.1126/sciadv.abc3020

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Reconstitution of prospermatogonial specification in vitro from human induced pluripotent stem cells2020

    • 著者名/発表者名
      Hwang Young Sun、Suzuki Shinnosuke、Seita Yasunari、Ito Jumpei、Sakata Yuka、Aso Hirofumi、Sato Kei、Hermann Brian P.、Sasaki Kotaro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 5656

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19350-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SARS-CoV-2 ORF3b Is a Potent Interferon Antagonist Whose Activity Is Increased by a Naturally Occurring Elongation Variant2020

    • 著者名/発表者名
      Konno Yoriyuki、Kimura Izumi、Uriu Keiya、Fukushi Masaya、Irie Takashi、Koyanagi Yoshio、Sauter Daniel、Gifford Robert J.、Nakagawa So、Sato Kei
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 32 ページ: 108185

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.108185

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [図書] ネオウイルス学2021

    • 著者名/発表者名
      河岡 義裕、岩見 真吾、大場 靖子、川口 寧、佐藤 佳、澤 洋文、鈴木 信弘、高橋 英樹、朝長 啓造、中川 草、長崎 慶三、西浦 博、野田 岳志、古瀬 祐気、堀江 真行、牧野 晶子、松浦 善治、松野 啓太、村田 和義、望月 智弘、渡辺 登喜子
    • 総ページ数
      320
    • 出版者
      集英社
    • ISBN
      4087211592

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公開日: 2021-12-27  

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