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2020 年度 実績報告書

オミクスデータを統合する数理的手法による免疫系モデル構築

研究課題

研究課題/領域番号 18KT0070
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

熊谷 雄太郎  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (00528408)

研究期間 (年度) 2018-07-18 – 2021-03-31
キーワード免疫応答 / 数理モデリング / 樹状細胞分化
研究実績の概要

本年度は推定のために実装した手法を実データに適用することで免疫システムのモデル化を目指した。

適用する実データとしてはImmunological Genome Project (ImmGen; https://www.immgen.org/)のデータおよび樹状細胞をリポ多糖によって刺激した後の遺伝子発現、RNA分解速度、ヒストン修飾の時系列データを用いた。また、新たに樹状細胞に対するウイルス感染時の遺伝子発現、ヒストン修飾時系列データを取得した。

ImmGenのデータに対して開発手法を適用し解析した結果、樹状細胞分化を制御すると思われる因子をいくつか同定し、これをin vitroでの直接リプログラミング実験によって確かめた。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件)

  • [雑誌論文] Adipose-derived mesenchymal stem cells differentiate into heterogeneous cancer-associated fibroblasts in a stroma-rich xenograft model2021

    • 著者名/発表者名
      Miyazaki Yoshihiro、Oda Tatsuya、Inagaki Yuki、Kushige Hiroko、Saito Yutaka、Mori Nobuhito、Takayama Yuzo、Kumagai Yutaro、Mitsuyama Toutai、Kida Yasuyuki S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 ページ: 4690

    • DOI

      10.1038/s41598-021-84058-3

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Selective Induction of Human Autonomic Neurons Enables Precise Control of Cardiomyocyte Beating2020

    • 著者名/発表者名
      Takayama Yuzo、Kushige Hiroko、Akagi Yuka、Suzuki Yutaka、Kumagai Yutaro、Kida Yasuyuki S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 9464

    • DOI

      10.1038/s41598-020-66303-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] RNA Sensing by Gut Piezo1 Is Essential for Systemic Serotonin Synthesis2020

    • 著者名/発表者名
      Sugisawa Erika、Takayama Yasunori、Takemura Naoki、Kondo Takeshi、Hatakeyama Shigetsugu、Kumagai Yutaro、Sunagawa Masataka、Tominaga Makoto、Maruyama Kenta
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 182 ページ: 609~624.e21

    • DOI

      10.1016/j.cell.2020.06.022

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Zinc Finger Protein St18 Protects against Septic Death by Inhibiting VEGF-A from Macrophages2020

    • 著者名/発表者名
      Maruyama Kenta、Kidoya Hiroyasu、Takemura Naoki、Sugisawa Erika、Takeuchi Osamu、Kondo Takeshi、Eid Mohammed Mansour Abbas、Tanaka Hiroki、Martino Mika?l M.、Takakura Nobuyuki、Takayama Yasunori、Akira Shizuo、Vandenbon Alexis、Kumagai Yutaro
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 32 ページ: 107906~107906

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107906

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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公開日: 2022-12-28  

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