網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19021049
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 藤渕 航 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (60273512)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: 遺伝子発現定量 / プライマー配列 / 配列決定法

研究概要

パイロシーケンシングによる細胞内mRNA 絶対定量を可能にするためのプライマー配列(パイロプライマー)を開発するため、(1)「遺伝子」発現定量のための低冗長性を許したpolyA 近郊パイロプライマー、および(2)「スプライシングバリアント」を完全定量するエクソン境界近傍パイロプライマーを現実時間内で設計することを目的としそのための方法論とシステムを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Development of a fast primer search system using FPGA. (2008)
  • 著者名/発表者名: Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report ページ: 1-4
• [学会発表] Designing Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2009)
  • 著者名/発表者名: Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
  • 学会等名: The 7th (International) Life Surveyor Symposium
  • 発表場所: Hitachi Central Research Laboratory, Tokyo
  • 年月日: 20090100
• [学会発表] Designing Pyro-primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: 千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • 学会等名: CBRC2008
  • 発表場所: 産業技術総合研究所・臨海副都心センター別館
  • 年月日: 20081100
• [学会発表] Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
  • 学会等名: The 3rd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
  • 発表場所: ATH, Zurich
  • 年月日: 20080900
• [学会発表] FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 20080900
• [学会発表] 網羅的mRNA 絶対定量のためのパイロプライマーの開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • 学会等名: 第6回ライフサーベイヤシンポジウム
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 20080600
• [学会発表] 網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • 学会等名: 第5回ライフサーベイヤシンポジウム
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 20080100
• [学会発表] The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujibuchi W.
  • 学会等名: 5th International Forum on Post-genome Technologies
  • 発表場所: Suzhou, China.(invited)
  • 年月日: 20070900
• [学会発表] Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujibuchi W.
  • 学会等名: The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
  • 発表場所: Waseda University
  • 年月日: 20070700
• [学会発表] 網羅的mRNA 絶対定量のためのパイロプライマーの開発 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤渕航
  • 学会等名: 特定領域研究会議
  • 発表場所: 青学会館
  • 年月日: 20070600
• [備考] ホームページ等 プライマー探索システムのWebインタラクティブ版のプロトタイプを開発している。(図6:公開準備中) [figure] 図6:遺伝子名(複数)とTm値を入力するとFPGA ボードを起動してユニークなプライマー配列セット候補のリストを返すWebシステム「Fprimer」のプロトタイプ。
• [産業財産権] (仮)ターゲット遺伝子に特異的なマルチプレックスプライマー配列の探索方法、装置、プログラム (準備中)
  • 発明者名: 藤渕航、千葉啓和
  • 権利者名: (独)産業技術総合研究所