包括的トランスクリプトーム解析による新たなゲノム医学,創薬研究

2008 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 19109001
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 辻本 豪三 京都大学, 薬学研究科, 教授 (80172013)
• 研究分担者: 平澤 明 京都大学, 薬学研究科, 准教授 (70242633) ; 木村 郁夫 京都大学, 薬学研究科, 助教 (80433689)
• キーワード: トランスクリプトーム / DNAチップ / バイオインフォマッティックス / RNA / 疾患動物モデル

研究概要

H19繰越基盤研究(S)より統合遺伝子発現解析プラットフォームの方法論の選定を行った。選定された方法論でマイクロRNAマイクロアレイを用いた食道がんプロファイル解析を行った。(1)RNA標本のラベリング法として、cDNA法とaRNA法を比較しその再現性を比較したところ、Cy5を用いたaRNA法の方がCy3を用いたcDNA法に比べて再現性が高い事が示され、このaRNA法を標準のラベリング法とした。スキャニング法としては、詳細な最適化の結果、Cy5がオゾンによる蛍光強度の減弱が強い時期が過ぎて安定する、洗浄後1時間以上経過してから、強度の違う3種類の励起光でスキャンしたデータを、統合する方法が最もスキャニングにおける再現性が高いことが判明した。(2)複数施設から集められた30標本(1症例2標本:非癌部と癌部)について、改良された標本ラベリング法を用いてハイブリし、各標本の遺伝子発現プロファイルを取得した。データをQuantile Normalization法を用いてノーマライズを施行した。放射線化学療法の効果判定の結果と相関させる事は時期尚早であると判断し、その前段階としてHierarchical Clustering法を用いた解析を行った。遺伝子プロファイルによると、(1)非癌部と癌部標本は、別れてクラスタリングされる。(2)適格基準適合症例と適合外症例とは、比較的別れてクラスタリングされる。(3)臨床施設やハイブリ施行日に明らかなバイアスを認めなかった。以上より、癌・非癌部標本からのデータが別々にクラスタリングされる事が示された。

研究成果

• [雑誌論文] In silico approach to identify the expression of the undiscovered molecules from microarray public database : identification of odorant receptors expressed in non-olfactory tissues. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ichiinura A, Kadowaki T, Narukawa K, Togiya K, Hirasawa A, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 377 ページ: 159-165
  • 査読あり
• [雑誌論文] Production and characterization of a monoclonal antibody against GPR40 (FFARl ; free fatty acid receptor 1). (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirasawa A, Itsubo C, Sadakane K, Hara T, Shinagawa S, Koga H, Nose H, Koshimizu TA, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: Biochei Biophys Res Commun. 365 ページ: 22-28
  • 査読あり
• [雑誌論文] NMR structure of an intracellular third loop peptide of human GABA(B) receptor. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kikko T, Matsumoto O, Ohkudo T, Kobayashi Y, Tsujimoto G
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun. 366 ページ: 681-684
  • 査読あり
• [雑誌論文] Establishment of the culture model system that reflects the process of terminal differentiation of connective tissue-type mast cells (2008)
  • 著者名/発表者名: Takano H, Nakazawa S, Okuno Y, Shirata N, Tsuchiya S, Kainoh T, Takamatsu S, Furuta K, Taketomi Y, Naito Y, Takematsu H, Kozutsumi Y, Tsuiimoto G, Murakami M, Kudo I, Ichikawa A, Nakayama K, Sugimoto Y, Tanakag S
  • 雑誌名: FEBS Lett 582 ページ: 1444-1450
  • 査読あり
• [雑誌論文] Immunological tolerance-related genes in a spontaneous tolerant model of rat liver transplantation explored by suppression subtractive hybridization. (2008)
  • 著者名/発表者名: Zhang H, Ohmi K, Hirasawa A, Enosawa S, Hara Y, Tamura A, Tsuiimoto G.
  • 雑誌名: Cell Transplant. 17 ページ: 195-201
  • 査読あり
• [雑誌論文] Administration of perilla oil coated with Calshell increases glucagon-like peptide secretion. (2008)
  • 著者名/発表者名: Adachi T, Yanaka H, Kanai H, Nozaki M, Takahara Y, Tsuda M, Jonouchi T, Tsuda K, Hirasawa A, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: Biol Pharm Bull 31 ページ: 1021-1023
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phamacogenomics of cardiovascular pharmacology : development of an informatics system for analysis of DNA microarray data with a focus on lipid metabolism. (2008)
  • 著者名/発表者名: Takahara Y, Kobayashi T, Takemoto K, Adachi T. Osaki K, Kawahara K, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: J Pharmacol Sci 107 ページ: 1-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Secreted CXCL1 is a potential Mediator and marker of the tumor invasion of bladder cancer. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kawanishi H, Matsui Y, Ito M, Watanabe J, Takahashi T, Nishizawa K, Nishiyama H, Kamoto T, Mikami Y, Tanaka Y, Jung G, Akiyama H, Nobumasa H, Guilford P, Reeve A, Okuno Y, Tsujimoto G, Nakamura E, Ogawa O.
  • 雑誌名: Clin Cancer Res. 14 ページ: 2578-1587
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and application of fluorescein-and biotin-labeled molecular probes for the chenmokine receptor CXCR4. (2008)
  • 著者名/発表者名: Oishi S, Masuda R, Evans B, Ueda S, Goto Y, Ohno H, Hirasawa A, Tsujimoto G, Wang Z, Peiper SC, Naito T, Kodama E, Matsuoka M, Fujii N.
  • 雑誌名: Chembiochem. 9 ページ: 1154-1158
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alcohol preference in mice lacking the Avprla vasopressin receptor. (2008)
  • 著者名/発表者名: Sanbe A, Takagi N, Fujiwara Y, Yamauchi J, Endo T, Mizutani R, Takeo S, Tsuiimoto G, Tanoue A
  • 雑誌名: Am J Physiol Regul Integr Comp 294 ページ: 1482-1490
  • 査読あり
• [雑誌論文] Free fatty acids induce cholecystokinin secretion through GPR120. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka T, Katsuma S, Adachi T, Koshimizu TA, Hirasawa A, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: Naunyn Schiiedebergs Arch Pharmacol. 377 ページ: 523-527
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cloning and characterization of the rat free fatty acid receptor GPR120 : in vivo effect of the natural ligand on GLP-1 secretion and proliferation of pancreatic beta cells. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka T, Yano T, Adachi T, Koshimizu TA, Hirasawa A, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 377 ページ: 515-522
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global correlation analysis for micro-RNA and mRNA expression profiles in human cell lines. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ruike Y, Ichimura A, Tsuchiya S, Shimizu K, Kunimoto R, Okuno Y, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: J Hum Genet 53 ページ: 515-523
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coiled-coil tag-probe system for quick labeling of membrane receptors in living cells. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yano Y, Yano A, Oishi S, Sugimoto Y, Tsujimoto G, Fujii N, Matsuzaki K.
  • 雑誌名: ACS Chem Biol 20 ページ: 341-345
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure-activity relationships of pyrazine-based CK2 inhibitors : synthesis and evaluation of 2, 6-disubstituted pyrazines and 4, 6-disubstituted pyrimidines. (2008)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y, Cluzeau J, Hara T, Hirasawa A, Tsujimoto G, Oishi S, Ohno H, Fujii N.
  • 雑誌名: Arch Pharm (Weinheim) 341 ページ: 554-561
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of vasopressin Vlb receptor deficiency on adrenocortropin release from anterior pituitary cells in response to oxytocin stimulation. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura K, Fujiwara Y, Mizutani R, Sanbe A, Miyauchi N, Hiroyama M, Yamauchi J, Yamashita T, Nakamura S, Nori T, Tsujimoto G, Tanoue A.
  • 雑誌名: Endocrinology 149 ページ: 4883-4891
  • 査読あり
• [雑誌論文] Free fatty acid receptors and drug discovery. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirasawa A, Hara T, Katsuma S, Adachi T, Tsujimoto G.
  • 雑誌名: Biol Pharm Bull 31 ページ: 1847-1851
  • 査読あり
• [雑誌論文] Microarray-based identification of CUB-domain containing protein 1 as a potential prognostic marker in conventional renal cell carcinoma. (2008)
  • 著者名/発表者名: Awakura Y, Nakamura E, Takahashi T, Kotani H, Mikami Y, Kadowaki T, Myoumoto A, Akiyama H, Ito N, Karaoto T, Manabe T, Nobumasa H, Tsujimoto G, Ogawa 0.
  • 雑誌名: J Cancer Res Clin Oncol 134 ページ: 1363-1369
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of G protein-coupled receptor 120-selective agonists derived from PPARgamma agonists. (2008)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T, Igari SI, Hirasawa A, Hata M, Ishiguro M, Fujieda H, Itoh Y, Hirano T, Nakagawa H, Ogura M, Makishima M, Tsujimoto G, Miyata N.
  • 雑誌名: J Med Chem 51 ページ: 7640-7644
  • 査読あり
• [学会発表] ゲノム科学で治す生活習慣病 (2009)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三
  • 学会等名: 東北大学21世紀COE生活習慣病フォーラム
  • 発表場所: 良陵会館 記念ホール
  • 年月日: 2009-03-10
• [学会発表] 創薬開第の過程(発想から開第) (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三
  • 学会等名: 佐島シンポジウム講演
  • 発表場所: 東京第一ホテル両国
  • 年月日: 20080404-20080405
• [学会発表] ゲノム研第の最近の進展 (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三(オーガナイザー)
  • 学会等名: 創薬薬理フォーラム第16回
  • 発表場所: 日本薬学会長井記念館
  • 年月日: 2008-09-19
• [学会発表] ゲノムで拓く創薬 (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三
  • 学会等名: 19回新薬創製談話会
  • 発表場所: 京都嵐山「らざん」
  • 年月日: 2008-09-17
• [学会発表] 急性リンパ性白血病細胞におけるグルコチコイド感受性マーカー遺伝子の検討 (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三
  • 学会等名: 第17回日本アポートシス研究会学術集会
  • 発表場所: メルパルク京都第 2会場
  • 年月日: 2008-08-17
• [学会発表] テーラーメイド医療の展望 (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三 (教育講演)
  • 学会等名: 第25回TDM学会学術大会
  • 発表場所: タワーホール船堀
  • 年月日: 2008-06-21
• [学会発表] ゲノム科学からの創薬 : 新規脂肪酸受容体ファミリーの機能解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三
  • 学会等名: 第4回京都心血管代謝セミナー
  • 発表場所: 芝蘭会館別館 (国際交流会館) (京都
  • 年月日: 2008-06-17
• [学会発表] ゲノム創薬研究 : ケモゲノミクス研第への展開 (2008)
  • 著者名/発表者名: 辻本豪三(オーガナイザーおよびシンポジスト)
  • 学会等名: 第118回日本薬理学会関東支部会・第10回応用薬理シンポジウム
  • 発表場所: 星薬科大学
  • 年月日: 2008-06-07
• [図書] インシリコ創薬科学-ゲノム情報から創薬へ-第1章 概論-ゲノム情報から創薬へ (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤井信孝, 辻本豪三, 奥野恭史/編集
  • 総ページ数: 191
  • 出版者: 京都廣川書店