| 研究課題/領域番号 |
19200022
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
阿久津 達也 京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)
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| 研究分担者 |
川端 猛夫 京都大学, 化学研究所, 教授 (50214680)
林田 守広 京都大学, 化学研究所, 助教 (40402929)
永持 仁 京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)
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| キーワード | カーネル法 / グラフ理論 / 構造活性相関 / 特徴ベクトル / 化学構造 / 立体異性体 / 木構造 / 外平面的グラフ |
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| 研究概要 |
平成20年度は以下の研究を行った。
1、木に似た化学構造の特徴ベクトルからの推定
これまでに開発してきたアルゴリズムの改良を行った。数え上げ手法に永持が以前に開発したdetachment手法を組み込むという改良を昨年度より開発してきたが、その改良手法を完成させ、国際会議にて発表した。さらに、このアルゴリズムのwebサーバの開発に着手し、最初のバージョンがほぼ完成した。
2、立体異性体の数え上げ手法の開発
昨年度より開発してきた木構造および外平面グラフ構造を持つ化合物に対して立体異性体を高速に数え上げるアルゴリズムの詳細をチェック、改善することにより完成させた。さらにこのアルゴリズムを実装し、既知の結果と比較することにより、その正当性を確認した。
3、立体異性体を区別するカーネル関数の開発
昨年度より開発してきた立体異性体を区別するカーネル関数の開発を続け、完成させた。その有用性を検証するために、既存のデータを用いるとともに、川端を介して新たなデータを取得した。これらのデータを用いて計算機実験を行った結果、立体異性体を区別できない既存のカーネル関数に対する優位性を検証することができた。
4、整数計画法を用いたRNA二次構造予測法
新規化合物設計のためには、化合物データのみならずタンパク質データやRNAデータの解析も有用である。そこで上記研究と関連して、整数計画法を用いてRNA二次構造予測を行う方法、動的計画法を用いてタンパク質のβシート領域を予測する方法などを開発した。
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