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2009 年度 研究成果報告書

分子計算の高精度化メカニズムとその評価系の構築

研究課題

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研究課題/領域番号 19200023
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関東京工業大学

研究代表者

村田 智  東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 准教授 (10334533)

研究分担者 藤本 健造  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 教授 (90293894)
藤井 輝夫  東京大学, 生産技術研究所, 教授 (30251474)
野島 高彦  東京大学, 生産技術研究所, 助教 (00291930)
研究期間 (年度) 2007 – 2009
キーワードDNAコンピュータ
研究概要

本研究においては,DNAタイルを用いた分子計算の高精度化に向けて,いくつかの側面から研究開発に取り組んだ.まず,DNAタイルのセルフアセンブリによる分子計算プロセスの詳細なシミュレーションモデルを開発し,実験結果を精度よく説明することに成功した.また,T-motifと呼ばれる丁字型のDNAナノ構造体用のモチーフが,基板上で平面拘束をうけながら品質の高い大規模平面に成長する現象を見出した.これをもとに基板上でのみ成長する新しいモチーフをいくつか設計し,同様の大規模成長が可能であることを実験により確認した.さらに2種のT-motifタイルによるアルゴリズミックセルフアセンブリを基盤上で行って周期構造体を作製し,タンパク質分子を高精度配列させることに成功した.分子計算のための人工核酸の開発にも取り組み,汎用性の高いクロスリンカーとしてカルバゾールヌクレオシド(C^<NVK>)を含む核酸の合成に成功し,各種の核酸構造物へ適用できることを見出した.作製時の環境制御技術として,マイクロ流体デバイス中に固定化したDNAを核として,段階的にセルフアセンブリを行う手法を開発し,蛍光測定によるDNA構造体のバルク評価を行った.

  • 研究成果

    (59件)

すべて 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (36件) 図書 (3件) 備考 (1件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Fujimoto Photoreversible DNA end capping for the formation of hairpin sutuctures2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Yoshimura, H. Okada, K.
    • 雑誌名

      Organic & Biomolecular Chemistry

      ページ: 1523-526

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substrate-assisted assembly of interconnected single duplex DNA nanosutructures Angewandte Chemie2009

    • 著者名/発表者名
      S. Hamada, S. Murata
    • 雑誌名

      Int. Ed. 48

      ページ: 6820-6823

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Precise Simulation Model for DNA Tile Self-Assembly IEEE Transactions on Nanotechnology2009

    • 著者名/発表者名
      K. Fujibayashi, S. Murata
    • 雑誌名

      VOL.8,NO.3

      ページ: 361-368

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Error suppression mechanisms for DNA tile self-assembly and their simulation2009

    • 著者名/発表者名
      K. Fujibayashi, D. Zhang, E. Winfree, S. Murata
    • 雑誌名

      Natural Computing Vol.8,No.3

      ページ: 589-612

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new approach for reversible RNA photocrosslinking reaction: application to sequence-specific RNA selection2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Yoshimura, T. Ohtake, Okada, K. Fujimoto
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      ページ: 1473-1476

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA分子を素材とするナノ構造の作成技術2009

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 雑誌名

      化学工業 21916

      ページ: 1-5

  • [雑誌論文] Stepwise Assembly of DNA Tile on Surfaces2008

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Somei, Shohei Kaneda, Teruo Fujii, Satoshi Murata
    • 雑誌名

      Lecture Notes on Computer Science 4848

      ページ: 182-190

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Toward Reliable Algorithmic Self-Assembly of DNA Tiles2008

    • 著者名/発表者名
      K. Fujibayashi, R. Hariadi, S. Park, E. Winfree, S. Murata
    • 雑誌名

      A Fixed-Width Cellular Automaton Pattern NanoLetters 40762

      ページ: 1791-7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] T-motif: A Novel Non-crossover Motif for DNA Nanostructures Proc. Foundation of NanoScience2008

    • 著者名/発表者名
      S. Hamada, S. Murata
    • 雑誌名

      FNANO 2008

      ページ: 163

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hiroshi Kimura and Teruo Fujii Polymerase chain reaction-based molecular logic gate coupled with cell-free transcription-translation as a reporter2008

    • 著者名/発表者名
      Takahiko Nojima*, Takatoki Yamamoto, Hiroshi Kimura, Teruo Fujii
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      ページ: 3771-3773

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell-free protein synthesis conducted by template DNA with repetitive sequence2008

    • 著者名/発表者名
      Takahiko Nojima*, Hiroshi Kimura, Teruo Fujii
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      ページ: 648-649

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Highly selective detection of 5-methylcytosine using photochemical ligation2008

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Ogino, Yuuta Taya, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      ページ: 5996-5998

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ultrafast Reversible Photocrosslinking Reaction: Toward in Situ DNA Manipulation2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshinaga Yoshimura, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Organic Letters

      ページ: 3227-3231

    • 査読あり
  • [雑誌論文] On-chip capillary electrophoresis fractionation of DNA construct for cell-free protein expression2007

    • 著者名/発表者名
      Takahiko Nojima, Shohei Kaneda, Teruo Fujii
    • 雑誌名

      Chemistry Letters 13455

      ページ: 1346-1347

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNAタイルのプログラム自己集積2007

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 雑誌名

      日本結晶成長学会誌 12451

      ページ: 51-55

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of on-chip capillary electrophoresis to cell-free preparation of recombinant DNA2007

    • 著者名/発表者名
      Takahiko Nojima, Shohei Kaneda, Teruo Fujii
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Chemistry Symposium Series 51

      ページ: 87-88

  • [雑誌論文] Takehiro Ami and Kenzo Fujimoto Parallel Processable Light-driven DNA Logic Gate Nucleic Acids Symp2007

    • 著者名/発表者名
      Shinzi Ogasawara
    • 雑誌名

      Series 51

      ページ: 235-236

    • 査読あり
  • [学会発表] DNAマイクロカプセルの開発2010

    • 著者名/発表者名
      堀内浩太, 瀧ノ上正浩, 竹内昌治, 村田智
    • 学会等名
      第22回自律分散システムシンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2010-01-30
  • [学会発表] DNAマイクロカプセルの開発2009

    • 著者名/発表者名
      堀内浩太, 瀧ノ上正浩, 竹内昌治, 村田智
    • 学会等名
      計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会SSI2009
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2009-11-26
  • [学会発表] dnaナノ構造の基板上成長2009

    • 著者名/発表者名
      西本智史, 村田智
    • 学会等名
      計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会(SSI2009)
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2009-11-26
  • [学会発表] DNAを用いたフォトニック結晶の階層的結晶成長制御2009

    • 著者名/発表者名
      木村良範, 金田祥平, 藤井輝夫, 村田智
    • 学会等名
      計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会(SSI2009)
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2009-11-26
  • [学会発表] バイオナノエンジニアリングへの招待2009

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 学会等名
      計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会(SSI2009)
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2009-11-26
  • [学会発表] 自己集合モチーフによるdnaナノ構造の作製技術~DNAタイルとその周辺~2009

    • 著者名/発表者名
      浜田省吾, 村田智
    • 学会等名
      計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会(SSI2009)
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2009-11-26
  • [学会発表] dnaナノ平面構造の任意位置への成長2009

    • 著者名/発表者名
      西本智史, 村田智
    • 学会等名
      結晶成長学会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-11-12
  • [学会発表] アルギン酸ゲルビーズを用いたDNAマイクロカプセルの構築2009

    • 著者名/発表者名
      堀内浩太, 瀧ノ上正浩, 竹内昌治, 村田智
    • 学会等名
      細胞を創る研究会
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2009-10-02
  • [学会発表] Fujimoto Development of a rapid and reversible photocrosslinking of RNA2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Yoshimura, T. Ohtake, H. Okada, K.
    • 学会等名
      The Sixth International Syposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      TakayamaPuclic Cultural Hall
    • 年月日
      2009-09-28
  • [学会発表] 光応答能を有する核酸誘導体によるプログラマブルなナノシステムの創製2009

    • 著者名/発表者名
      藤本健造, 岡田孟, 大竹智子, 竹村有美子, 小笠原慎治
    • 学会等名
      高分子討論会2009
    • 発表場所
      熊本大学
    • 年月日
      2009-09-17
  • [学会発表] New Motifs for DNA Nanostructures2009

    • 著者名/発表者名
      S. Murata, S. Nishimoto, S. Hamada
    • 学会等名
      International Conference on Materaials for Advanced Technoligies 2009 (ICMAT2009) Symposium M: DNA Nanoscience and Biophyisics
    • 発表場所
      Suntec Singapore Int'l Convention and Exhibition Centre
    • 年月日
      2009-06-29
  • [学会発表] 光を用いたDNA. RNA操作法の開発と応用2009

    • 著者名/発表者名
      藤本健造
    • 学会等名
      第2回ナノバイオ若手ネットワーキングシンポジウム
    • 発表場所
      関西セミナーハウス
    • 年月日
      2009-06-23
  • [学会発表] Photochemical ligation of DNA probe prepared in click chemistry2009

    • 著者名/発表者名
      T. Ami, Y. Yoshimura, T. Matsuzaki, K. Fujimoto
    • 学会等名
      The 26th International Conference of Photopolymer Science and Technology
    • 発表場所
      Chiba Univ.
    • 年月日
      2009-06-01
  • [学会発表] 分子ロボティクスのためのDNA膜システムの構築2009

    • 著者名/発表者名
      堀内浩太, 村田智
    • 学会等名
      第19回化学とマイクロ・ナノシステム研究会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2009-05-28
  • [学会発表] 基板成長に適したDNA平面構造の設計2009

    • 著者名/発表者名
      林中輝雄, 浜田省吾, 村田智
    • 学会等名
      第21回自律分散システムシンポジウム
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取)
    • 年月日
      2009-01-22
  • [学会発表] Fluorescent green logic2008

    • 著者名/発表者名
      野島高彦, 山本貴富喜, 木村啓志, 藤井輝夫
    • 学会等名
      第11回生命化学研究会
    • 発表場所
      水上館(群馬県みなかみ町)
    • 年月日
      20081128-20081129
  • [学会発表] オンデマンド型微量液滴ハンドリングデバイスによるPNAプローブ法を用いたDNA一塩基置換検出の高速化2008

    • 著者名/発表者名
      金田祥平, 野島高彦, 山本貴富喜, 藤井輝夫
    • 学会等名
      第25回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム
    • 発表場所
      沖縄県宜野湾市沖縄コンベンションセンター(沖縄県野湾市)
    • 年月日
      20081022-20081024
  • [学会発表] Teruo Fujii A droplet on demand microfluidic device for detecting DNA single base substitution using PNA probe2008

    • 著者名/発表者名
      Shohei Kaneda, Takahiko Nojima, Takatoki Yakamoto
    • 学会等名
      The 12th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (microTAS2008)
    • 発表場所
      San diego, California, USA
    • 年月日
      20081012-20081016
  • [学会発表] PCRに基づく生化学ロジックゲート2008

    • 著者名/発表者名
      野島高彦, 山本貴富喜, 木村啓志, 藤井輝夫
    • 学会等名
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム
    • 発表場所
      東京工業大学すずかけ台キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      20080918-20080920
  • [学会発表] DNA増幅と遺伝子発現にもとづくロジックゲート構築のこころみ2008

    • 著者名/発表者名
      金田祥平, 野島高彦, 山本貴富喜, 藤井輝夫
    • 学会等名
      第17回化学とマイクロ・ナノシステム研究会(17th CHEMINAS)
    • 発表場所
      九州大学馬出キャンパス(福岡県福岡市)
    • 年月日
      20080520-20080521
  • [学会発表] 核酸を用いた新規構造体モチーフの設計2008

    • 著者名/発表者名
      浜田省吾, 村田智
    • 学会等名
      第20回自律分散システムシンポジウム
    • 発表場所
      長野, 上諏訪温泉
    • 年月日
      20080124-20080125
  • [学会発表] DNA分子のプログラマブルな結晶化2008

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 学会等名
      学習院大学計算機センター特別プロジェクト「結晶成長の数理」第3回研究会
    • 発表場所
      学習院大学
    • 年月日
      2008-12-26
  • [学会発表] DNAナノ構造のアルゴリズミック結晶成長2008

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 学会等名
      結晶成長国内会議NCCG-38
    • 発表場所
      仙台戦災復興記念館
    • 年月日
      2008-11-04
  • [学会発表] Self-Assembly of DNA Nanostructures2008

    • 著者名/発表者名
      S. Murata
    • 学会等名
      SAINT Seminar
    • 発表場所
      SKKU(ソウル)
    • 年月日
      2008-10-09
  • [学会発表] Computing with DNA tiling2008

    • 著者名/発表者名
      S. Murata
    • 学会等名
      International Workshop on Natural Computing (IWNC 2008)
    • 発表場所
      横浜国立大学
    • 年月日
      2008-09-23
  • [学会発表] DNAタイルとその周辺2008

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 学会等名
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム生体機能関連シンポジウム若手フォーラム
    • 発表場所
      東工大すずかけ台
    • 年月日
      2008-09-17
  • [学会発表] DNAタイルの自己組織化2008

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 学会等名
      日本結晶生長学会, 第33回結晶成長討論会
    • 発表場所
      秋保温泉(仙台)
    • 年月日
      2008-09-11
  • [学会発表] Development of template-directed reversible DNA photocrosslinking2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshinaga Yoshimura, Genki Ozaki, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids and 35th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 発表場所
      Kyoto University
    • 年月日
      2008-09-10
  • [学会発表] Self-Assembly of DNA tiles-Measurement, Simulation and Error Suppression2008

    • 著者名/発表者名
      S. Murata
    • 学会等名
      Bionano Symposium
    • 発表場所
      工大すずかけ台
    • 年月日
      2008-05-07
  • [学会発表] オンチップ・キャピラリー電気泳動を用いて行う無細胞遺伝子工学実験2007

    • 著者名/発表者名
      野島高彦, 金田祥平, 藤井輝夫
    • 学会等名
      第5回国際核酸化学シンポジウム(第34回核酸化学シンポジウム)
    • 発表場所
      東京大学, 安田講堂(東京都文京区)
    • 年月日
      20071120-20071122
  • [学会発表] DNA分離回収用オンチップ・キャピラリー電気泳動を用いる無細胞遺伝子工学実験2007

    • 著者名/発表者名
      野島高彦, 金田祥平, 藤井輝夫
    • 学会等名
      日本分析化学会第56年会
    • 発表場所
      徳島大学工学部(徳島県徳島市)
    • 年月日
      20070919-20070921
  • [学会発表] Thermodynamic simulations of DNA tile self-assembly2007

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Fujibayashi, Satoshi Murata
    • 学会等名
      2nd Intl. Conf. on Nano-Networks
    • 発表場所
      Catania, Italy
    • 年月日
      20070914-20070916
  • [学会発表] A New Motif for DNA-based Nanostructures2007

    • 著者名/発表者名
      Shogo Hamada, Satoshi Murata
    • 学会等名
      Caltech Self-Replicating Chemical Systems Workshop
    • 発表場所
      Pasadena, USA
    • 年月日
      20070827-20070828
  • [学会発表] DNA分離マイクロ流体デバイスを用いて達成する無細胞遺伝子操作2007

    • 著者名/発表者名
      野島高彦, 金田祥平, 藤井輝夫
    • 学会等名
      第15回化学とマイクロ・ナノシステム研究会(15th CHEMINAS)
    • 発表場所
      東北大学青葉山キャンパス(宮城県仙台市)
    • 年月日
      20070525-20070526
  • [学会発表] 光クロスリンク反応による高感度遺伝子多型解析2007

    • 著者名/発表者名
      網健裕, 吉村嘉永, 荻野雅之, 藤本健造
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 核酸を用いた新規構造体モチーフ2007

    • 著者名/発表者名
      浜田省吾, 村田智
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会
    • 発表場所
      日本科学未来館
    • 年月日
      2007-11-26
  • [図書] DNAタイルのセルフアセンブリ2008

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 総ページ数
      147-156
    • 出版者
      シーエムシー出版
  • [図書] NAタイル・DNAオリガミ,自己組織化ハンドブック2008

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 総ページ数
      1-4
    • 出版者
      エヌティーエス
  • [図書] DNAフラクタル構造体の創製,トポロジーデザイニング-新しい幾何学からはじめる物質・材料設計-

    • 著者名/発表者名
      村田智
    • 出版者
      エヌティーエス(印刷中)
  • [備考] ホームページ

    • URL

      http://www.mrt.dis.titech.ac.jp/

  • [産業財産権] 核酸構造体及びその核酸構造体を用いた核酸構造物,並びにその核酸構造物の製造方法2009

    • 発明者名
      浜田省吾, 村田智, 林中輝雄
    • 権利者名
      国立大学法人東京工業大学
    • 産業財産権番号
      特許国際出願番号PCT/JP2009/050720
    • 出願年月日
      2009-01-20
  • [産業財産権] 核酸構造体及びその核酸構造体を用いた核酸構造物

    • 発明者名
      浜田省吾, 村田智
    • 権利者名
      国立大学法人東京工業大学
    • 産業財産権番号
      特許特願2008-012050号

URL: 

公開日: 2011-06-18   更新日: 2016-04-21  

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