| 研究課題/領域番号 |
19201038
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| 研究機関 | 慶應義塾大学 |
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研究代表者 |
清水 信義 慶應義塾大学, 医学部, 名誉教授 (50162706)
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| 研究分担者 |
浅川 修一 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (30231872)
清水 厚志 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30327655)
佐々木 貴史 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (70306843)
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| キーワード | ドメイン / モチーフ / メダカ / モルフォリノアンチセンス / ノックダウン解析 / 比較ゲノム解析 |
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| 研究概要 |
1.カオナシデータベースの構築および改良
NCBIのRefseq geneとEBIのEnsembl geneのデータを独自に統合した慶應遺伝子データベース(KeioGeneDB)にメダカカオナシ遺伝子の発現解析およびノックダウン解析の画像データを入力し、wwブラウザーを用いて画像や表現型の情報を閲覧できるシステムを構築した。さらに、個々のデータを自動更新する機能を追加したが、non-coding RNAの存在や複数の遺伝子をまたぐcDNA情報の存在により現在Ensembl、NCBIのデータが共に混乱しているため完全な自動化は避けた。
2.カオナシ遺伝子の発生初期ステージにおける発現解析
メダカの発生ステージごとのcDNAを用いて延べ250遺伝子の発現解析を行った。さらにいくつかの発現に特徴のある遺伝子に関しては成体各組織での発現解析も行った。
3.ノックダウン法による機能解析
表現型に特徴のある遺伝子を選択し、再設計したアンチセンスオリゴと5塩基の置換を行ったネガティブコントロールオリゴを用いた確認実験を行うとともに、変異体で表現型が報告されている遺伝子を複数選択し、表現型コントロール実験を行った。
4.カオナシRNAの解析
小分子RNAの中には機能不明で特徴的な配列を持たないカオナシRNAが膨大に存在する。そこで、メダカを用いて小分子カオナシRNAのクローニングと配列解析を行った。メダカ精巣由来のtotal RNAから30塩基のRNA画分を抽出し、解析した結果、コーディング遺伝子とも反復配列とも関連の見られない新規のRNAを多数発見した。これらのシーケンスデータをタグ配列を取り除き自動で染色体上にマッピングするプログラムを作成した。
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