インテグロン・ジーンカセットメタゲノム解析の基盤整備とその有効性評価

2009 年度 自己評価報告書

• 研究課題/領域番号: 19201041
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 丸山 明彦 独立行政法人産業技術総合研究所, 生物機能工学研究部門, 主任研究員 (30202336)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2010
• キーワード: 微生物 / 遺伝子 / メタゲノム / 機能 / 特殊環境 / 汚染環境 / 海洋

研究概要

微生物が保有するインテグロン・ジーンカセット(IGC)部位に着目し、多種多様な微生物が混在する環境微生物試料を対象とした効率的な機能遺伝子探索手法(IGCメタゲノム解析手法)として確立するための基盤整備を行う。これまで全く未解明な極限環境試料や汚染環境試料等を対象とし、このIGCシステムの普遍性や特徴、見出された機能遺伝子の特徴や生息環境との関連性、発現産物の特徴や有用性等の解明を通し、本手法の有効性や得られた結果の科学的意義、応用の可能性等について評価する。

研究成果

• [雑誌論文] Novel and diverse integron integrase genes and integron-like gene cassettes are prevalent in deep-sea hydrothermal vents (2007)
  • 著者名/発表者名: Hosam Elsaied, H. W. Stokes, Takamichi Nakamura, Keiko Kitamura, Hiroyuki Fuse, Akihiko Maruyama
  • 雑誌名: Environmental Microbiology 9 ページ: 2298-2312
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activities and distribution of methanogenic and methane-oxidizing microbes in marine sediments from the Cascadia Margin
  • 著者名/発表者名: Hideyoshi Yoshioka, Akihiko Maruyama, Takamichi Nakamura, Yowske Higashi, Hiroyuki Fuse, Akira Sakata, Douglas H. Bartlett
  • 雑誌名: Geobiology
  • 査読あり
• [学会発表] 深海における細菌由来異常塩基の生成と抑制に関する研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 林宏恵, 久留主泰朗
  • 学会等名: Blue Earth 2010
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-03-01
• [学会発表] Sphingomonas 属細菌群を宿主とする高発現ベクターの構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 福田敦史, 林宏恵, 久留主泰朗
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 20091200
• [学会発表] Composition of bacterial integron metagenome in marine sediment contaminated with industrial wastes (2009)
  • 著者名/発表者名: Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
  • 学会等名: Japanese Society of Microbial Ecology
  • 発表場所: Hiroshima
  • 年月日: 20091100
• [学会発表] インテグロン・ジーンカセットシステムに着目した海洋環境微生物ゲノム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 丸山明彦、ホサム・エルセイド
  • 学会等名: マリンバイオテクノロジー学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20090500
• [学会発表] Characterization of Novel Plasmids from Sphingomonad (2009)
  • 著者名/発表者名: Kurusu Y, Ochou M, Saito M.
  • 学会等名: ASM General 109^<th> Meeting
  • 発表場所: Philadelphia, USA.
  • 年月日: 20090500
• [学会発表] Integron metagenome comparison between petroleum oil contaminated and oil-free marine sediments : New study and methodology to expand knowledge about integron diversity in marine environment (2008)
  • 著者名/発表者名: Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
  • 学会等名: International Symposium on Microbial Ecology
  • 発表場所: Cains, Australia
  • 年月日: 20080800
• [学会発表] カスカディア縁辺域における微生物・遺伝子の特徴とメタン生成について (2007)
  • 著者名/発表者名: 吉岡秀佳、東陽介、中村孝道、丸山明彦
  • 学会等名: 第3回IODP成果報告会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20070500
• [学会発表] 海底熱水系試料での微生物機能遺伝子探索 (2007)
  • 著者名/発表者名: 丸山明彦, ホサム・イーサ・エルセイド
  • 学会等名: 東京大学海洋研究所共同利用シンポジウム「海底拡大系の総合研究」
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-10-01
• [図書] Diversity and role of bacterial integron/gene cassette metagenome in extreme marine environments. Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats
  • 著者名/発表者名: Hosam Elsaied, Akihiko Maruyama
  • 出版者: John Wiley & Sons, Inc.
• [産業財産権] 機能遺伝子探索用PCRプライマー (2007)
  • 発明者名: 丸山明彦, ホサム・エルセイド
  • 権利者名: 独立行政法人産業技術総合研究所理事長
  • 産業財産権番号: 2007-120210
  • 出願年月日: 2007-04-27