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2008 年度 実績報告書

魚類多様性の進化ダイナミクス: 網羅的大規模分子系統樹からのアプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 19207007
研究機関東京大学

研究代表者

西田 睦  東京大学, 海洋研究所, 教授 (90136896)

研究分担者 馬渕 浩司  東京大学, 海洋研究所, 助教 (50401295)
キーワード進化 / 魚類 / ミトコンドリア / 多様性 / 分子系統 / メダカ / トゲウオ / シクリッド
研究概要

平成20年度は、昨年度に引き続き、スズキ類(Percomorpha)魚類のミトコンドリア(ミト)ゲノム全長塩基配列のデータ収集を行ったが、平行して行ったスズキ類の特定の一部を対象とした系統解析において、魚類学上重要な成果をいくつか得ることができた。代表的な成果としては、実験モデル生物として近年重要性がさらに増している2種類の魚類、メダカとトゲウオの系統的位置に関する成果が挙げられる。メダカを含むメダカ亜目は、ダツ類に近いという説とカダヤシ類に近いという説があったが、これまでの短い部分塩基配列に基づく解析では統計的に信頼のおける結果が得られていなかった。今回、ミトゲノム全長塩基配列に基づく解析を行ったところ、メダカ亜目は、カダヤシ類より、サンマやトビウオを含むダツ類により近いことが高い信頼性を持って提示された。更に、これらのスズキ類内部における系統的位置に注目すると、メダカやサンマ、トビウオ、カダヤシを含むトウゴロウイワシ系は、適応放散のモデル生物として注目されているシクリッド類とかなり近縁であることが判明した。一方、トゲウオの系統的位置に関しても新たな知見が得られた。これまでトゲウオ科の中で最も初期に分化したのは、これと姉妹群関係にあるクダヤガラ類と類似した細長い体型を持つS, spinachia であると考えられていたが、ミトゲノム全長配列と11個の核遺伝子に基づいた解析を行ったところS, spinachia は、トゲウオ科の中で最も派生的な種として位置づけられた。この結果は、トゲウオ科魚類の進化的柔軟性を示しており、今後トゲウオ類のゲノム進化を検証する上で非常に興味深い知見であるといえる。

  • 研究成果

    (55件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (27件) (うち査読あり 24件) 学会発表 (27件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Evolution of multiple phosphodiesterase isoforms in stickleback invoIved in cAMP signal transduction pathway.2009

    • 著者名/発表者名
      Sato, Y. , Y. Hashiguchi, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology 3

      ページ: 23

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Different hatching strategisc in embryos of two species, pacific herring Clupea pallasii and Japanese anchovy Engraulis japonicus, that belong tu the same order Clupeiformes, and their environmental adaptation.2009

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi, M. , H. Fujita, N. Yoshizaki, J. Hiroi, H. Okouchi, Y. Nagakura, T. Noda, S. Watanabe, S. Katayama, S. Iwamuro, M. Nishida, I. Iuchi, and S. Yasumasu.
    • 雑誌名

      Journal of Experimental Zoology, Part B: Molecular and Developmental Evolution 312B

      ページ: 95-107

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Explosive speciation of Takifugu: another use of fugu as a model system for evolutionary biology.2009

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y. , M. Miya, K. Matsuura, S. Miyazawa, N. Tsukamoto, H. Doi, H. Takahashi, K. Mabuchi, M. Nishida, and H. Sakai.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 26

      ページ: 623-629

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unique patterns of pelvic fin evolution: a case study of balistoid fishes (Pisces: Tetraodontiformes) based on whole mitochondrial genome sequences.2009

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y. , M. Miya, K. Matsuura, H. Sakai, M. Katoh, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 50

      ページ: 179-189

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stickleback phylogenies resoIved: Evidence from mitochondrial genomes and 11 nuclear genes.2009

    • 著者名/発表者名
      Kawahara, R. , M. Miya, K. Mabuchi, T. J. Near, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 50

      ページ: 401-404

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deep-Sea mystery solved: astonishing larval transformations and extreme sexual dimorphism unite three fish families.2009

    • 著者名/発表者名
      Jolmson, G. D. , J. R. Paxton, T. T. Sutton, T. P. Satoh, T. Sado, M. Nishida, and M. Miya.
    • 雑誌名

      Biology Letters 5

      ページ: 235-239

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hatching enzyme of the ovoviviparous black rockfish Sebasts shflegelii-enovironmental adaptation of the hatching enzyme and evolutionary aspects of formation of the pseudogene.2008

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi, M. , M. Nakagawa, T. Noda, N. Yoshizaki, J. Hiroi, M. Nishida, I. Iuchi, and S. Yasumasu
    • 雑誌名

      FEBS Journal 275

      ページ: 2884-2898

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolutionary patterns and selective pressures of odorant/pheromone receptor gene families in teleost fishes.2008

    • 著者名/発表者名
      Hashiguchi, Yasuyuk, Yoshimi Furuta, and Mutsumi Nishida.
    • 雑誌名

      PloS ONE 3

      ページ: e4083

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interrelationships of Atherinomorpha (medakas, flyingfishes, killifishes, Silversides, and their relatives) : The first evidence based on whole mitogenome sequences.2008

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga, I)avin, H. E. , Masaki Miya, Yusuke Yamanoue, Kohji Mabuchi, Takashi P. Satoh, Jun G Inoue, Mutsumi Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 49

      ページ: 598-605

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of 15microsatellite loci for the Japanese gudgeon Sarcocheilichthys variegatus.2008

    • 著者名/発表者名
      Fujita, S. , T. Komiya, H. Takeshima, K. Watanabe, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Resources 8

      ページ: 1335-1337

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitogenomic evaluation of the historical biogeography of cichlids toward reliable dating of teleostean divergences.2008

    • 著者名/発表者名
      Azuma, Y. , Y. Kumazawa, M. Miya, K. Mabuchi, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology 8

      ページ: 215

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new perspective on phylogeny and evolution of tetraodontiform fishes (Pisces: Acanthopterygii) based on whole mitochondrial genome sequences: Basal ecological diversification?2008

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y. , M. Miya, K. Matsuura, M. Katoh, H. Sakai, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology 8

      ページ: 212

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The phylogenetic position of an undescribed paedomorphic clupeiform: Mitogenomic evidence.2008

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S. , M. Miya, A. Kawaguchi, T. Yoshino and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Ichthyolqgical Research 55

      ページ: 328-334

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterotypy in N-terminal region of Growth/Differentiation Factor5 (GDF5) mature protein during evolution of teleosts.2008

    • 著者名/発表者名
      Fujimura, K. , Y. Terai, N. Ishiguro, M. Miya, M. Nishida, and N. Okada.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 25

      ページ: 797-800

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monophyly, phylogenetic position and inter-familial relationships of the Alepocephaliformes (Teleostei) based on whole mitogenome sequences.2008

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S. , M. Miya, J. Y. Poulsen, P. R. Moller, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 47

      ページ: 1111-1121

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interrelationships of the 11 gasterosteiform families (sticklebacks, pipefishes, and their relatives) : a new pespective based on whole mitogerlme sequences from 75 higher teleosts.2008

    • 著者名/発表者名
      Kawahara, R. , M. Miya, K. Mabuchi, S. Lavoue, J. G. Inoue, T. P. Satoh, A. Kawaguchi, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 46

      ページ: 224-236

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterisation of 39 microsatellite loci in the endangered Japanese loach Leptobotia curta.2008

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, K. , H. Takeshima, A. Iwata, T. Abe, K. Uehara, R. Kakioka, D. Kihira, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Notes 8

      ページ: 145-148

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of microsatellite loci in the cichlid fish in Lake Victoria, Haplochlomis chilotes.2008

    • 著者名/発表者名
      Maeda, K. , H. Takeshima, S. Mizoiri, N. Okada, M. Nishida, and H. Tachida.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Notes 8

      ページ: 428-430

  • [雑誌論文] Mitochondrial DNA analysis reveals cryptic large-scale invasion of non-native genotypes of common carp Cyprinus caprio in Japan.2008

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, K. , H. Senou, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology 17

      ページ: 796-806

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Population structure of two closely related pelagic cichlids in Lake Victoria, Haplochromis pyrrhocephalus and H. laparogramma.

    • 著者名/発表者名
      Maeda, K. , M. Takeda, K. Kamiya, M. Aibara, S. I. Mzighani, M. Nishida, S. Mizoiri, T. Sato, Y. Terai, N. Okada, and H. Tachida.
    • 雑誌名

      Gene (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Screening the V2R-type putative odorant receptor gene repertoire in Bitterling Tanakia Lanceolata.

    • 著者名/発表者名
      Hashiguchi, Y. and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Gene (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electric charge divergence in proteins: insights into the evolution of their three-dimensional properties

    • 著者名/発表者名
      Sato, Y. and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Gene (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of 13 microsatellite loci in the nine-spined stickleback (Pungitius pungitius) and cross-species amplification in 5 stickleback species (family Gasterosteidae).

    • 著者名/発表者名
      Meguro, Y. , H. Takahashi, H. Takeshima, M. Nishida, and A. Goto.
    • 雑誌名

      Conservation Genetics Resources (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic population structure of a reef goby, Bathygobius cocosensis, in the northwestern Pacific.

    • 著者名/発表者名
      Mukai, T. , S. Nakamura, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Ichthyological Research (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The historical bigeography of the freshwater knifefishes using mitogenomic approaches: A Mesozoic origin of the Asian notopterids (Actinopterygii: Osteoglossomorpha).

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J. G. , Y. Kumazawa, M. Miya, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstructing thr phylogenetic relationships of the earth's most diverseclade of freshwater fishes-Order Cypriniformes (Actinopterygii: Ostariophysi): A case ctudy using multiple nuclear loci and the mitochondrial genome.

    • 著者名/発表者名
      Mayden, R. L. , Wei-Jen Chen, H. L. Bart, M. H. Doosey, A. M. S. , K. L. Tang, R. M. Wood, M. K. Agnew, L. Yang, M. V. Hirt, M. D. Clements, K. Saitoh, T. Sado, M. Miya, and M. Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution (in press)

  • [雑誌論文] Molecular approaches to the study of biological invasions: applicability to ecosystem management. (In Japanese with English abstract)

    • 著者名/発表者名
      Nishikawa, Y. , R. Yonekura, K. Iwasaki, M. Nishida, K. Kawamura, and H. Kawai.
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Ecology (in press)

  • [学会発表] トラフグ・インスリン様成長因子1のイントロン配列および各種成長関連遺伝子の仔魚期における発現量と成長との関連.2009

    • 著者名/発表者名
      古川聡史・黒須洋平・木下滋晴・金子元・武島弘彦・西田睦・渡部終五
    • 学会等名
      日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20090300
  • [学会発表] Microsatellite and mitochondrial DNA analyses for genetic diversity between two closely related Takifugu pufferfish, torafugu T. rubripes and karasu T. chinensis.2009

    • 著者名/発表者名
      R. , Md. Shaheed, S. Furukawa, T. Mochizuki, H. Doi, M. Nishida, and S. watabe
    • 学会等名
      日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20090300
  • [学会発表] 共生褐虫藻から探るムカデミノウミウシと褐虫藻の共生関係の進化.2008

    • 著者名/発表者名
      依籐実樹子・川原玲香・馬渕浩司・渡邉俊樹・西田睦
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会大会
    • 発表場所
      静岡
    • 年月日
      20081100
  • [学会発表] サンゴ白化現象早期診断のためのストレスバイオマーカー遺伝子の探索.2008

    • 著者名/発表者名
      伊藤吉彦・湯山育子・渡邉俊樹・西田睦
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会大会
    • 発表場所
      静岡
    • 年月日
      20081100
  • [学会発表] Zooplankton community genomics-beyond barcoding of marine animals.2008

    • 著者名/発表者名
      Machida, R. J. , Y. Hashiguchi, M. Nishida, and S. Nishida
    • 学会等名
      50th Anniversary Symposium of SCOR (Science Committee on Ocean Research)
    • 発表場所
      Woods Hole, MA, USA
    • 年月日
      20081000
  • [学会発表] Significance of intensive and extensive genetic analysis of species and their natural populations.2008

    • 著者名/発表者名
      Nishida, Mutsumi.
    • 学会等名
      Fifth World Fisheries Congress
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      20081000
  • [学会発表] The structural integration of insulin-like growth factor-1 and 2 genes and their regulatory regions in torafugu pufferfish Takifugu rubripes inmlicated for fast growth.2008

    • 著者名/発表者名
      Furukawa, S. , H. Takeshima, M. Nishida, and S. Watabe.
    • 学会等名
      Fifth World Fisheries Congress
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      20081000
  • [学会発表] 孵化酵素LCA魚種特異的卵膜分解.2008

    • 著者名/発表者名
      川口眞理・清水昭男・廣井準也・井内一郎・安増茂樹・西田睦
    • 学会等名
      東京大学生命科学ネットワークシンポジウム2008
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] 魚類の進化を探る: その多様性への多面的アプローチ2008

    • 著者名/発表者名
      西田 睦
    • 学会等名
      日本動物学会大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] ニシン目に属する2魚種ニシンとカタクチイワシにおける異なる環境に適応した孵化戦略2008

    • 著者名/発表者名
      川口眞理・藤田英明・吉崎範夫・廣井準也・岩室祥一・井内一郎・安増茂樹・西田睦
    • 学会等名
      日本動物学会大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] アユの適応遺伝子探索におけるHiCEP法の有効性の検証.2008

    • 著者名/発表者名
      武島弘彦・東陽一郎・井口恵一朗・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] AFLP分析によって明らかになったトラフグ属魚類の自然種間交雑.2008

    • 著者名/発表者名
      善家裕太朗・高橋洋・酒井治己・土井啓行・松浦啓一・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] 琵琶湖におけるコイの日本在来mtDNAハプロタイプの分布.2008

    • 著者名/発表者名
      馬渕浩司・瀬能宏・武島弘彦・中井克樹・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] イトヨ自然集団における嗅覚受容体遺伝子ファミリーの適応進化.2008

    • 著者名/発表者名
      橋口康之・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] ミトコンドリアゲノムと11の核遺伝子配列から明らかになったトゲウオ亜目魚類の系統関係.2008

    • 著者名/発表者名
      川原玲香・宮正樹・馬渕浩司・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] 幼形進化的シラスウオ属魚類の起源: ミトコシドリアゲノム全長配列による分子系統解析.2008

    • 著者名/発表者名
      昆健志・宮正樹・R. Lukas・中谷将典・佐藤崇・吉野哲夫・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づくトウゴロウイウシ系魚類の分子系統.2008

    • 著者名/発表者名
      D. H. E. SETIAMARGA・宮正樹・山野上祐介・馬渕浩司・佐藤崇・井上潤・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] ダルマガレイ科魚類におけるミトコンドリアゲノムの進化.2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤崇・宮正樹・西田睦
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] Mitogenomic evidence reveals large genetic divergence between two populations of Pantodon buchholzi.2008

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S. , M. Miya, and M. Nishida.
    • 学会等名
      Fourth International Conference of the Pan African Fish and Fisheries Association
    • 発表場所
      Ethiopia
    • 年月日
      20080900
  • [学会発表] 祖先配列の最尤推定に基づくPGIおよびALDタンパク質電荷の進化解析2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤行人・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] イトヨ嗅覚受容体遺伝子群における適応進化の網羅的検索2008

    • 著者名/発表者名
      橋口康之・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] 養鶏進化に隠された多様性: サンゴ礁性シラスウオ属魚類に発見された多くの隠蔽種2008

    • 著者名/発表者名
      昆健志・吉野哲夫・向井貴彦・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] 卵膜タンパク質と孵化酵素の"分子共進化"?: 孵化酵素LCEの魚種特異的卵膜分解.2008

    • 著者名/発表者名
      川口眞理・清水昭男・廣井準也・井内一郎・安増茂樹・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] 魚類特異的ゲノム倍化に由来する多数の重複適伝子の"sub-neofunctionalization"による存続.2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤行人・橋口康之・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] 硬骨魚類の分岐年代推定におけるシクリッド系統地理の有効性.2008

    • 著者名/発表者名
      東陽一郎・熊澤慶伯・宮正樹・馬渕浩司・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] 「ありふれた魚」に隠されていた大きな集団分化: 東アジアのフナの分子系統地理.2008

    • 著者名/発表者名
      高田未来美・立原一憲・昆健志・山本軍次・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080800
  • [学会発表] Mitogenomic evaluation of historical biogeography of cichlids toward reliable dating of teleostean divergences.2008

    • 著者名/発表者名
      Azuma, Y. , Y. Kumazawa, M. Miya, K. Mabuchi, and M. Nishida
    • 学会等名
      Society for Molecular Biology and Evolution
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      20080600
  • [図書] 生物系統地理学-種の起源をさぐる2008

    • 著者名/発表者名
      ジョン・C・エイビス著, 西田睦 ・武藤文人(監訳)
    • 総ページ数
      303
    • 出版者
      東京大学出版会

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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