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2010 年度 実績報告書

魚類多様性の進化ダイナミクス:網羅的大規模分子系統樹からのアプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 19207007
研究機関東京大学

研究代表者

西田 睦  東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (90136896)

研究分担者 馬渕 浩司  東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (50401295)
宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物研究科, 上席研究員 (30250137)
キーワード進化 / 魚類 / ミトコンドリア / 多様性 / 分子系統 / 骨鰾類 / 分岐年代 / 遺伝子配置変動
研究概要

本研究では、条鰭類全体の網羅的大規模系統樹を構築することが最終目標である。ただ解析の進め方としては、一気に大規模系統樹を構築するのではなく、まず個別の高次分類群[主として目(もく)]を対象に解析をおこない、それを積み上げていくことで全体像を描き出すという戦略を採用してきた。その結果、個別の高次分類群における研究成果がこれまでに多数得られ、これらの成果が当初の予想以上に豊かに魚類の進化史を描き出すものであることが昨年度までに明らかになった。そこで、今年度の補助金交付申請書を作成する時点で、本年度の研究方針も、まだ多くが未解析である高次分類群の解析を引き続き積み重ねていくこととした。この研究方針に沿って研究を進めた結果、新たにアンコウ目などの系統研究が進展した。さらに複数の目を包含する規模の重要な成果も得られた。その一例は、地球上の淡水魚の種数の65%を占める骨鰾類(コイ目、カラシン目、ナマズ目、デンキウナギ目を含む)に関する成果である。分子系統解析とそれにもとづく分岐年代推定から、このグループの現在の多様性の枠組みがこれまでに考えられていたよりもはるかに古いものであることが明らかになった。また、このグループの祖先は海洋環境に生息していたと推測されるが、淡水域に共通祖先が生き残った時期は、海洋環境が激変した時期と一致することも判明した。骨鰾類は脊椎動物の種多様性の1/8を占める巨大なグループであることから、本研究の成果は、脊椎動物の多様化の歴史を検討する上でも非常に重要なものであると評価できる。最終年度である本年度には、条鰭類全体からこれまでに得られた大量のミトコンドリアゲノムデータをもとに、遺伝子配置変動の系統推定における有用性の検討などもおこなうとともに、今後のさらなる研究展開の方向性についても検討を進めた。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (20件) (うち査読あり 20件) 学会発表 (21件)

  • [雑誌論文] Cryptic species of the gobioid paedomorphic genus Schindleria from Palau, western Pacific Ocean.2011

    • 著者名/発表者名
      Kon, T., T.Yoshino, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 58 ページ: 62-66

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Remarkable morphological stasis in an extant vertebrate despite tens of millions of years of divergence.2011

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S., M.Miya, M.E.Arnegard, P.B.McIntyre, V.Mamonekene, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences

      巻: 278 ページ: 1003-1008

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evidence from mitochondrial genomics supports the lower Mesozoic of South Asia as the time and place of basal divergence of cyprini form fishes(Actinopterygii : Ostariophysi).2011

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, K., T.Sado, M.H.Doosey, H.L.Bart, .Jr., J.G.Inoue, M.Nishida, R.L.Mayden, M.Miya.
    • 雑誌名

      Zoological Journal of the Linnean Society

      巻: 161 ページ: 633-662

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiple invasions into freshwater by pufferfishes(Teleostei : Tetraodontidae) : a mitogenomic perspective.2011

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M.Miya, H.Doi, K.Mabuchi, H.Sakai, M.Nishida.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 6 ページ: e17410

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biogeography and evolution of the Carassius auratus-complex in East Asia.2010

    • 著者名/発表者名
      Takada, M., K.Tachihara, T.Kon, G.Yamamoto, K.Iguchi, M.Miya, M.Nishida.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 10 ページ: 7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cryptic diversification of the swamp eel Monopterus albus in East and Southeast Asia, with special reference to the Ryukyuan populations.2010

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, S., T.Kon, M.Yamaguchi, H.Takeshima, Y.Yamazaki, T.Mukai, K.Kuriiwa, M.Kohda, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 57 ページ: 71-77

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolutionary history of anglerfishes(Teleostei : Lophiiformes) : amitogenomic perspective.2010

    • 著者名/発表者名
      Miya, M., T.W.Pietsch, James W.Orr, R.J.Arnold, T.P.Satoh, A.M.Shedlock, H.-C.Ho, M.Shimazaki, M.Yabe, M.Nishida.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 10 ページ: 58

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intraspecific variation in the mitochondrial genome among local populations of Medaka Oryzias latipes.2010

    • 著者名/発表者名
      Hirayama, M., T.Mukai, M.Miya, Y.Murata, Y.Sekiya, T.Yamashita, M.Nishida, S.Watabe, S.Oda, H.Mitani.
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 457 ページ: 13-24

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distribution of native Japanese mtDNA haplotypes of the common carp(Cyprinus carpio) in Lake Biwa.(in Japanese with English abstract)2010

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, K., H.Senou, H.Takeshima, K.Nakai, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Ichthyology

      巻: 57 ページ: 1-12

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiplex PCR-based genotyping of mitochondrial DNA from two species of ocean sunfish from the genus Mola(Tetraodontiformes : Molidae)found inJapanese waters.(in Japanese with English abstract)2010

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., IC Mabuchi, E.Sawai, Y.Sakai, H.Hashimoto, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Ichthyology

      巻: 57 ページ: 27-34

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitochondrial phylogenomics of anchovies(family Engraulidae)and recurrent origins of pronounced miniaturization in the order Clupeiformes.2010

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S., M.Miya, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      巻: 56 ページ: 480-486

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stable isotope and molecular analyses indicate that hybridization with non-native domesticated common carp influence habitat use of native carp.2010

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki, S.S., K.Mabuchi, N.Takamura, B.J.Hicks, M.Nishida, I.Washitani.
    • 雑誌名

      Oikos

      巻: 119 ページ: 964-971

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Teleost fish with specific genome duplication as unique models of vertebrate evolution.2010

    • 著者名/発表者名
      Sato, Y., M.Nishida.
    • 雑誌名

      Environmental Biology of Fishes

      巻: 88 ページ: 169-188

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simple and easy method using multiplex PCR for distinguishing Ryukyuan domestic and introduced C auratus.(in Japanese with English abstract)2010

    • 著者名/発表者名
      Takada, M., K.Tachihara, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Fish Genetics and Breeding Science

      巻: 39 ページ: 109-114

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deep-ocean origin of the freshwater eels.2010

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, M.J.Miller, T.Sado, R.Hanel, K.Hatooka, J.Aoyama, Y.Minegishi, M.Nishida, K.Tsukamoto.
    • 雑誌名

      Biology Letters

      巻: 6 ページ: 363-366

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic constitution and phylogenetic relationships among Japanese cruciancarps(Carassius).2010

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, G., M.Takada, K.Iguchi, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 57 ページ: 215-222

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intron-loss evolution of hatching enzyme genes in Teleostei.2010

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi, M., J.Hiroi, M.Miya, M.Nishida, I.Iuchi, S.Yasumasu.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 10 ページ: 260

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transfer RNA gene arrangement and codon usage in vertebrate mitochondrial genomes : a new insight into gene order conservation.2010

    • 著者名/発表者名
      Satoh, T.P., Y.Sato, N.Masuyama, M.Miya, M.Nishida.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 11 ページ: 479

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distribution and habitats of Carassius auratus in the Ryukyu Archipelago : comparison between indigenous and introduced populations.(in Japanese with English abstract)2010

    • 著者名/発表者名
      Takada, M., K.Tachihara, M.Nishida.
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Ichthyology

      巻: 57 ページ: 113-123

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conservation of the egg envelope digestion mechanism of hatching enzymein euteleostean fishes.2010

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi, M., S.Yasumasu, A.Shimizu, K.Sano, I.luchi, M.Nishida.
    • 雑誌名

      FEBS Journal

      巻: 277 ページ: 4973-4987

    • 査読あり
  • [学会発表] フナ地域個体群の種内系統構成:福井県三方湖水系におけるケーススタディー2011

    • 著者名/発表者名
      武島弘彦・松崎信一郎・児玉晃治・前田英章・西田睦
    • 学会等名
      第58回日本生態学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター,札幌
    • 年月日
      2011-03-09
  • [学会発表] Genetic composition of crucian carp(Carassius auratus)populations in and around Lake Mikata.2011

    • 著者名/発表者名
      Takashima, H., M.Nishida
    • 学会等名
      The 2nd Joint Symposium between Kyushu University and University of Tokyo "GCOE Asian ConservationEcolog'
    • 発表場所
      The Kyushu University 50th Memorial Hall,Hakozaki Campus,Kyushu Univ.,Fukuoka.
    • 年月日
      2011-02-04
  • [学会発表] 生物多様性の起源を探る:分子系統学の挑戦2010

    • 著者名/発表者名
      西田睦
    • 学会等名
      第46回霞が関環境講座自然科学の第一線XXV(地球化学研究協会)
    • 発表場所
      霞が関ビル,東京
    • 年月日
      2010-12-04
  • [学会発表] Did pufferfishes originate from deep sea? A mitogenomic perspective on phylogeny and evolution of tetraodonti form fishes(puffers and theirallies).2010

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M.Miya, M.Nishida.
    • 学会等名
      Trench Connection : International Symposium on the Deegest Environment on Earth
    • 発表場所
      Atmosphere and Ocean Research Institute, The University ofTokyo, Kashiwa.
    • 年月日
      2010-11-10
  • [学会発表] Deep-ocean origin of the freshwater eels.2010

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, M.J.Miller, J.Aoyama, M.Nishida, K Tsukamoto.
    • 学会等名
      International Symposium on the Deepest Environmenton Earth
    • 発表場所
      Atmosphere and Ocean Research Institute,The University of Tokyo,Kashiwa.
    • 年月日
      2010-11-10
  • [学会発表] Phylogeny of the Snailfishes(family Liparidae) : a Mitogenomic Perspective.2010

    • 著者名/発表者名
      Satoh, T.P., M.Miya, T.Sado, P.R Moller, J.W.Orr, M.Nishida.
    • 学会等名
      International Symposium on the Deepest Environmenton Earth
    • 発表場所
      Atmosphere and Ocean Research Institute,The University of Tokyo,Kashiwa.
    • 年月日
      2010-11-10
  • [学会発表] 魅惑の魚!リュウキュウアユ2010

    • 著者名/発表者名
      田睦
    • 学会等名
      平成22年度リュウキュウアユを蘇生させる会・9月度仕事人倶楽部勉強会
    • 発表場所
      代市ビル,東京
    • 年月日
      2010-10-05
  • [学会発表] DNAから探る魚類の多様性と進化2010

    • 著者名/発表者名
      西田睦
    • 学会等名
      名古屋市立大学自然科学研究科セミナー(第62回)
    • 発表場所
      名古屋市立大学山の畑キャンパス,名古屋
    • 年月日
      2010-10-01
  • [学会発表] Fundulusとメダカ間の種特異的な卵膜分解からわかった艀化酵素と卵膜の分子共進化2010

    • 著者名/発表者名
      川口眞理・安増茂樹・井内一郎・西田睦
    • 学会等名
      日本動物学会第81回東京大会
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス,東京
    • 年月日
      2010-09-25
  • [学会発表] 南半球に分布するメルルーサ科底魚の地理的に離れた2集団間で見られた小さな遺伝的差異2010

    • 著者名/発表者名
      武島弘彦・畑中晃昌・山田彰一・山崎裕治・木村郁夫・西田睦
    • 学会等名
      2010年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      三重県文化会館,三重
    • 年月日
      2010-09-24
  • [学会発表] 奄美リュウキュウアユの遺伝的ステータス2010

    • 著者名/発表者名
      井口恵一朗・武島弘彦・西田睦
    • 学会等名
      2010年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      三重県文化会館,三重
    • 年月日
      2010-09-24
  • [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長配列に基づくタニノボリ科タニノボリ亜科の分子系統解析2010

    • 著者名/発表者名
      佐土哲也・斉藤憲治・西田睦・宮正樹
    • 学会等名
      2010年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      三重県文化会館,三重
    • 年月日
      2010-09-24
  • [学会発表] クサウオ科魚類の系統進化学的研究:ミトコンドリアゲノム全長配列からのアプローチ2010

    • 著者名/発表者名
      佐藤崇・宮正樹・佐土哲也・P.R..MOLLER・J.W.ORR・西田睦
    • 学会等名
      2010年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      三重県文化会館,三重
    • 年月日
      2010-09-24
  • [学会発表] テンジクダイ科の分子系統と"テンジクダイ属"の非単系統性2010

    • 著者名/発表者名
      馬渕浩司・T.FRASER・東陽一郎・西田睦
    • 学会等名
      2010年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      三重県文化会館,三重
    • 年月日
      2010-09-24
  • [学会発表] シラスウオ属(Schindleria)魚類の卵における付着装置の多様性2010

    • 著者名/発表者名
      原政子・昆 健志・仲村茂夫・西田睦
    • 学会等名
      2010年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      三重県文化会館,三重
    • 年月日
      2010-09-24
  • [学会発表] 魚類の進化に関する分子系統学的研究.2010

    • 著者名/発表者名
      西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス,東京
    • 年月日
      2010-08-04
  • [学会発表] 艀化酵素と卵膜の分子共進化:盈ηゴαん5とメダカ間における種特異的な卵膜分解.2010

    • 著者名/発表者名
      川口眞理・安増茂樹・西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス,東京
    • 年月日
      2010-08-04
  • [学会発表] Diversity of the gene arrangements for fish mitochondrial genome.2010

    • 著者名/発表者名
      Satoh, T.P., M.Miya, M.Nishida
    • 学会等名
      International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 'Genome, Evolution and Environment'
    • 発表場所
      Hotel Rubura Ohzan,Nagoya
    • 年月日
      2010-08-01
  • [学会発表] Genetic differentiation and distribution pathways of the bronze featherback Notopterus notopterus and climbing perch Anabas testudineus in Southeast Asia.2010

    • 著者名/発表者名
      Takagi, A.P., S.Ishikawa, M.Nishida, H.Kurokura
    • 学会等名
      International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 'Genome, Evolution and Environment'
    • 発表場所
      Hotel Rubura Ohzan,Nagoya
    • 年月日
      2010-08-01
  • [学会発表] Multiple invasions of freshwater by puffers : a mitogenomic perspective on phylogeny of Tetraodontidae(Teleostei : Tetraodontiformes).2010

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M.Miya, K.Mabuchi, H.Doi, H.Sakai, M.Nishida.
    • 学会等名
      International Symposium on Biodiversity Sciences2010 'Genome, Evolution, and Environment'
    • 発表場所
      Hotel Rubura Ohzan,Nagoya
    • 年月日
      2010-08-01
  • [学会発表] Evolutionary history of anglerfishes(Teleostei : Lophiiformes) : A mitogenomic perspective.2010

    • 著者名/発表者名
      Miya, Masaki, Theodore W.Pietsch, James W.Orr, Takashi P.Satoh, Hsuan-Ching Ho, Rachel Arnold 2 Andrew M.Shedlock, Mitsuomi Shimazak i, Mamoru Yabe, Mutsumi Nishida
    • 学会等名
      2010 Joint Meeting of Ichthyologists and Herpetologists
    • 発表場所
      Providence,Rhode Island,U.S.A
    • 年月日
      2010-07-10

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公開日: 2012-07-19  

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