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2009 年度 実績報告書

霊長類のゲノムデータを用いた近縁種間・種内多様性解析と保全生物学への応用

研究課題

研究課題/領域番号 19207008
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

斎藤 成也  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587)

研究分担者 石田 貴文  東京大学, 大学院・理学系研究科, 准教授 (20184533)
キーワード遺伝学 / 遺伝子 / ゲノム / 進化 / 人類学
研究概要

霊長類の保全生物学と種内の多様性研究というふたつの目的のために、"Prim-Prim"というデータベースを作成した。このデータベースは既知の霊長類ゲノム配列の比較から、未解読の霊長類のDNA断片を分子マーカーとして増幅させることのできる「霊長類ユニバーサルプライマー」2303ペアを収めている。すでにゲノム配列の解読が終了しているヒトとアカゲザルのゲノム配列を比較し、変異性の高いイントロン領域をはさんだエクソンが両種で完全に一致している領域を抽出した。この中からPCRプライマーとしてのよい化学的性質を持つ部分配列を同定し、これらを「狭鼻猿類ユニバーサルプライマー」の候補配列として予測した。これらのプライマー58対を用いて、主として石田が収集したテナガザル6種の36個体のDNAサンプルを用い、塩基配列決定を行った。配列決定は斎藤の研究室で実施した。現在これらの配列データを解析中である。結果を2010年9月に京都で開催される国際霊長類学会で発表する予定である。
研究資材の開発・拡充については、各種霊長類のDNA・細胞に加え、広く哺乳類全般から試料を収集し、60生物種のリソースが作成できた。小型類人猿の系統分岐に関しては、属レベル、種レベル、亜種レベルで良い解像度を得られるよう、解析領域の選定をした。分子生態学・保全学への応用を念頭に、排泄物からのDNAを常染色体STRの解析に使えるよう条件設定をおこなった。以上は石田が担当した。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (1件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Variations in the coding region of the agouti signaling protein gene donot explain agouti/non-agouti phenotypes in macaques2010

    • 著者名/発表者名
      Nakayama, K.
    • 雑誌名

      Journal of Mammalian Evolution (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A hypervariable STR polymorphism in the complement factor I(CFI)gene : Asian-specific alleles2010

    • 著者名/発表者名
      Yuasa I.
    • 雑誌名

      International Journal of Legal Medicine (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogenetic relationships and divergence dates of the whole mitochondrial genome sequences among three gibbon genera2010

    • 著者名/発表者名
      Matsudaira, K.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 55

      ページ: 454-459

    • 査読あり
  • [雑誌論文] HERC1 polymorphisms : population-specific variations in haplotype composition2009

    • 著者名/発表者名
      Yuasa I.
    • 雑誌名

      Cell Biochemistry and Function 27

      ページ: 402-405

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Variable number of tandem repeat polymorphisms of DRD4 re-evaluation of selection hypothesis and analysis of association with schizophrenia2009

    • 著者名/発表者名
      Hattori E.
    • 雑誌名

      European Journal of Human Genetics 17

      ページ: 793-801

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ヒトゲノム研究の新しい地平2009

    • 著者名/発表者名
      斎藤成也
    • 雑誌名

      Anthropological Science 117

      ページ: 1-9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 霊長類の種内変異を解析するためのPCRプライマーデータベース Prim-Prim の開発とその応用2009

    • 著者名/発表者名
      斎藤成也
    • 雑誌名

      DNA多型 17

      ページ: 63-65

  • [学会発表] 遺伝子から見る人類進化2009

    • 著者名/発表者名
      斎藤成也
    • 学会等名
      日本遺伝学会第81回大会
    • 発表場所
      松本市
    • 年月日
      2009-09-16
  • [図書] 絵でわかる人類の進化2009

    • 著者名/発表者名
      斎藤成也
    • 総ページ数
      192
    • 出版者
      講談社サイエンティフィック
  • [備考]

    • URL

      http://sayer.lab.nig.ac.jp/index-j.html

  • [備考]

    • URL

      http://sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/index-j.html

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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