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2008 年度 実績報告書

RND型トランスポーターの結晶構造に基づく機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 19207009
研究機関東京工業大学

研究代表者

村上 聡  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (30300966)

キーワード構造生物学 / 線結晶構造解析 / 多剤耐性 / 膜輸送体 / トランスポーター
研究概要

化学療法に立脚する現代医療現場での脅威の一つに薬剤耐性化問題が挙げられる。多くの抗生物質が効かなくなるこの現象の主因である多剤排出トランスポーターの立体構造決定、さらに基質結合型結晶構造の決定による多基質の認識および排出メカニズムである「機能的回転輸送機構」を解明した実績の上に立ち、多剤排出トランスポーター、とりわけグラム陰性細菌の持つRND型トランスポーターの結晶構造解析を進めると共に、蛋白質工学的、分子生物学的および生化学的手法を用いて、残る排出機構解明に残された問題を解決し、RND型トランスポーターの詳細な構造に基づく機能解析と構造多様性についての総合的解明を目的として研究を進めた。多剤排出トランスポーターの中で最も構造および、機能が明らかな大腸菌由来AcrBの構造に基づく機能解析を進める一方、本研究で扱うAcrBホモログの構造解析と生化学測定を照らし合わせて、トランスポーターの作動メカニズムと本来の生理的役割について研究を行った。また、これまで既に得られた大腸菌多剤排出トランスポーターAcrBの蛋白質工学的研究を進め、多基質認識の構造的基盤を明らかにする目的で変異体を構築し、薬剤排出活性を測定した。その結果これまで考えていた薬剤結合部位と、薬剤取り込み口の間周辺に基質特異性を決定する因子があることを見いだし、filter regionと名付け現在露文執筆へ向けて詰めの実験を行っている。また、機能研究を進めるために共同している英国ケンブリッジ大学のヘンドリック・ヴァン・ビーン博士らと、ABCトランスポーターでは膜貫通部分に同様の基質特異性を決定づける部分が存在することを明らかにした初となる共著の論文を出版した。今後は、RND型トランスポーターについても、共同で排出機構の解明を進めてゆく予定である。

  • 研究成果

    (38件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (26件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Femtosecond laser-induced nucleation of protein in agalose gel2009

    • 著者名/発表者名
      H. Y. Yoshikawa, et al.
    • 雑誌名

      J. Cryst. Growth 311

      ページ: 956-959

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic nature of disulphide bond formation catalysts revealed by crystal structures of DsbB.2009

    • 著者名/発表者名
      K. Inaba, et al.
    • 雑誌名

      EMBO J. 28

      ページ: 779-791

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of solution flow by rotary shaker on protein crystallization2008

    • 著者名/発表者名
      R. Murai, et al.
    • 雑誌名

      J. Cryst. Growth 310

      ページ: 2168-2172

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein crystallization in a 100 nl solution with new stirring equipment2008

    • 著者名/発表者名
      S. Maki, et al.
    • 雑誌名

      J. Synchrotron Rad. 15

      ページ: 269-272

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multidrug efflux transporter, AcrB-the pumping mechanism2008

    • 著者名/発表者名
      S. Murakami
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Struct. Biol 18

      ページ: 459-465

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Laser energy dependence on femtosecond laser-induced nucleation of protein2008

    • 著者名/発表者名
      H. Y. Yoshikawa, et al.
    • 雑誌名

      Appl. Phys. A 93

      ページ: 911-915

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of an RNA aptamer in complex with the human IgG Fc fragment2008

    • 著者名/発表者名
      S. Sugiyama, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. F64

      ページ: 942-944

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary neutron diffraction studies of HIV-1 protease cocrystallized with inhibitor KNI-2722008

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumura, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. F64

      ページ: 1003-1006

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Ca2+-free primary Ca2+-sensor of Na+/Ca2+exchanger2008

    • 著者名/発表者名
      M. Mima, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. F64

      ページ: 1125-1127

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation and Improvement of a Technique to Manipulate Protein Crystals in Solution2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kitatani, et al.
    • 雑誌名

      Jpn. J. Appl. Phys. 47

      ページ: 8995-8997

    • 査読あり
  • [学会発表] 高粘性溶液中でのフェムト秒レーザー誘起タンパク質結晶核発生2009

    • 著者名/発表者名
      村井良多ら
    • 学会等名
      第56回応用物理学関係連合講演会
    • 発表場所
      筑波大学筑波キャンパス(茨城県つくば市)
    • 年月日
      20090330-20090331
  • [学会発表] Transport by AcrB; a structural approach.2009

    • 著者名/発表者名
      S. Murakami
    • 学会等名
      The Gordon Research Conference (Multi-Drug Efflux Systems)
    • 発表場所
      Galveston, TX, USA
    • 年月日
      20090322-20090327
  • [学会発表] 多剤排出輸送体の結晶構造に基づく多基質認識と輸送メカニズム2009

    • 著者名/発表者名
      村上 聡
    • 学会等名
      第82回日本薬理学会年会シンポジウム
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      20090316-20090318
  • [学会発表] フェムト秒レーザーを用いたタンパク質結晶加工2009

    • 著者名/発表者名
      長谷中仁志ら
    • 学会等名
      第22回日本放射光学会年会
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス
    • 年月日
      20090109-20090112
  • [学会発表] 大腸菌多剤排出トランスポーターによる薬剤認識および排出機構2008

    • 著者名/発表者名
      村上 聡
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡市博多区)
    • 年月日
      20081203-20081205
  • [学会発表] X-ray structure of RNA aptamer in complex with human immunoglobulin G2008

    • 著者名/発表者名
      S. Sugiyama, et al.
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡市博多区)
    • 年月日
      20081203-20081205
  • [学会発表] フェムト秒レーザー照射によるタンパク質核発生メカニズムの解明と最適条件の検討2008

    • 著者名/発表者名
      村井良多ら
    • 学会等名
      第38回結晶成長国内会議
    • 発表場所
      仙台市戦災復興記念館(宮城県仙台市)
    • 年月日
      20081104-20081106
  • [学会発表] Bacterial Multidrug Efflux Transporter AcrB - The pumping mechanism. (Micro Symposium on New membrane protein structure. )2008

    • 著者名/発表者名
      S. Murakami
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Crystal structure of RNA aptamer in complex with human immunoglobulin G2008

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumura, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Growth of high-quality and large crystals of HIV protease-in-hibitor complex for neutron crystallography2008

    • 著者名/発表者名
      M. Yamakami, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of RNA aptamer in complex with human immunoglobulin G.2008

    • 著者名/発表者名
      S. Sugiyama, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Study on femtosecond laser-induced nucleation dynamics of proteins2008

    • 著者名/発表者名
      R. Murai, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Wavelength dependence of the crystallization by the laser irradiation2008

    • 著者名/発表者名
      H. Hasenaka, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グラシキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] The first direct observation of individual protein molecules on a protein crystal under forced solution-flow2008

    • 著者名/発表者名
      H. Kawahara, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Growth of large protein crystals for neutron crystallography by hanging a seed crystal2008

    • 著者名/発表者名
      N. Shimizu, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Application of a novel mounting tool using adhesive for protein crystals2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kitatani, et al.
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] Study on Nucleation Mechanism with Femtosecond Laser Irradiation2008

    • 著者名/発表者名
      R. Murai, et al.
    • 学会等名
      1st Global COE Student Conference on Innovative Electronic Topics SCIENT2008
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      20080731-20080801
  • [学会発表] Protein Crystallization by Femtosecond Laser Ablation in Supersaturated Solution2008

    • 著者名/発表者名
      H. Y. Yoshikawa, et al.
    • 学会等名
      IUPAC Symposium on Photochemistry
    • 発表場所
      Gothenburg, Sweden
    • 年月日
      20080728-20080801
  • [学会発表] Multidrug Recognition and Pumping by Bacterial Multidrug Transporter -A Structural View2008

    • 著者名/発表者名
      S. Murakami
    • 学会等名
      22nd Annual Symposium of The Protein Society
    • 発表場所
      San Diego, CA, USA
    • 年月日
      20080719-20080723
  • [学会発表] 膜タンパク質の結晶育成〜膜輸送体の結晶構造2008

    • 著者名/発表者名
      村上 聡
    • 学会等名
      第7回国際バイオフォーラム
    • 発表場所
      東京ビッグサイト
    • 年月日
      20080702-20080704
  • [学会発表] 大腸菌多剤排出トランスポーターによる薬剤認識および排出機構2008

    • 著者名/発表者名
      村上 聡
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 年月日
      20080610-20080612
  • [学会発表] フェムト秒レーザー照射によるタンパク質結晶化の原理解明研究2008

    • 著者名/発表者名
      村井良多ら
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 年月日
      20080610-20080612
  • [学会発表] New Technique of Manipulating a Protein Crystal2008

    • 著者名/発表者名
      K. Takano, et al.
    • 学会等名
      The 2008 Annual Meeting of the American Crystallographic Association (ACA2008)
    • 発表場所
      Knoxville Convention Center, Knoxville, Tennessee, USA
    • 年月日
      20080531-20080605
  • [学会発表] Protein Crystallization by Femtosecond Laser Irradiation and Solution Stirring2008

    • 著者名/発表者名
      K. Takano, et al.
    • 学会等名
      The 4th Asian Conference on Crystal Growth and Crystal Technology (CGCT-4)
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20080521-20080524
  • [学会発表] Development of a Novel Mounting Method for Protein Crystals2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kitatani, et al.
    • 学会等名
      The 4th Asian Conference on Crystal Growth and Crystal Technology (CGCT-4)
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20080521-20080524
  • [学会発表] Growth of large protein crystals by hanging a seed crystal (CGCT-4)2008

    • 著者名/発表者名
      N. Shimizu, et al.
    • 学会等名
      The 4th Asian Conference on Crystal Growth and Crystal Technology
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20080521-20080524
  • [図書] 多剤耐性のしくみ2008

    • 著者名/発表者名
      村上 聡
    • 総ページ数
      11
    • 出版者
      日本臨床
  • [図書] やさしい原理からはいるタンパク質科学実験法2008

    • 著者名/発表者名
      村上 聡
    • 総ページ数
      27
    • 出版者
      化学同人

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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