臨床オミックスデータに基づく疾患メカニズム関連因子探索のための統計的方法論の開発

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19300100
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: (財)癌研究会
• 研究代表者: 松浦 正明 財団法人癌研究会・癌研究所, がんゲノム研究部, 部長 (40173794)
• 研究分担者: 江口 真透 統計数理研究所, 数理推測研究系, 教授 (10168776) ; 藤澤 洋徳 統計数理研究所, 数理推測研究系, 準教授 (00301177) ; 星川 裕 財団法人癌研究会, 癌研究所がんゲノム研究部, 研究員 (80280626) ; 磯村 実 財団法人癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (40272497) ; 宮田 敏 財団法人癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343) ; 牛嶋 大 財団法人癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: 統計数学 / ゲノム / マイクロアレイ / プロテオーム / 生体生命情報学

研究概要

マイクロアレイデータと臨床情報を用いて疾患のメカニズムに関連する候補遺伝子を探索するために、生物学的情報を加味した遺伝子評価法を開発し、複数の予測モデルを組み合わせた論理和予測モデルを用いて予測性能の検証も行った。また、各患者で50万箇所以上におよぶ一塩基多型(SNP)データに対して、特定の複数SNPを組合わせた場合にのみ、表現型と関連するSNPの組を探索するための高速な統計的手法の開発に成功し、特許申請を行っ

研究成果

• [雑誌論文] Inference on biological mechanisms using an integrated phenotype prediction model (2008)
  • 著者名/発表者名: Enomoto Y, Ushijima M, Miyata S, Matsuura M. Ohtaki M
  • 雑誌名: Hiroshima Journal of Medical Sciences 57 ページ: 7-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the molecular mechanisms for dedifferentiation at the invasion front of colorectal cancer by a gene expression analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Oku Y, Matsuura M(15人中10番目), Miyata S(11番目), et al
  • 雑誌名: Clinical Cancer Research 22 ページ: 7215-7222
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predictive factors for efficacy of capecitabine in heavily pretreated patients with metastatic breast cancer (2008)
  • 著者名/発表者名: Osako T, Ushijima M(8人中2番目), Matsuura M(7番目) et al
  • 雑誌名: Cancer Chemother Pharmacol 63 ページ: 865-871
  • 査読あり
• [雑誌論文] IL12RB2 gene and ABCA1 gene are associated with susceptibility to radiation dermatitis (2008)
  • 著者名/発表者名: Isomura M(20人中1番目). Et al
  • 雑誌名: Clinical Cancer Research 14 ページ: 6683-6689
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust parameter estimation with a small bias against heavy contamination (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa H. and Eguchi S
  • 雑誌名: Journal of Multivariate Analysis 99 ページ: 2053-2081
  • 査読あり
• [雑誌論文] ファーマコゲノミクス、バイオインフォマティクス (2007)
  • 著者名/発表者名: 松浦正明
  • 雑誌名: バイオスタティスティクス臨床医薬 23 ページ: 295-325
• [学会発表] A simple method for detecting epistasis in genome-wide association studies (2009)
  • 著者名/発表者名: Ushijima M, Isomura M, Miki Y, Matsuura M
  • 発表場所: Tokyo University of Science(Japan)
  • 年月日: 2009-03-27
• [学会発表] コネクティヴィティマップを用いた潜在的に有効な抗がん剤の遺伝子発現印章に基づく識別 (2008)
  • 著者名/発表者名: 宮田敏、牛嶋大、松浦正明
  • 学会等名: 第67回日本癌学会総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2008-10-29
• [学会発表] Genome-wide survey of genetic polymorphisms associated with cytotoxicity of paclitaxel using HapMap cell lines (2008)
  • 著者名/発表者名: 磯村 実、松浦正明、野田哲生、三木義男
  • 学会等名: 第67回日本癌学会総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2008-10-29
• [学会発表] プロテオームデータ解析の現状および統計的諸問題 (2008)
  • 著者名/発表者名: 牛嶋大、宮田敏、松浦正明
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 慶應義塾大学
  • 年月日: 2008-09-09
• [学会発表] Genome-wide survey of genetic polymorphisms associated with cytotoxicity of paclitaxel using HapMap cell lines derived from Japanese population (2008)
  • 著者名/発表者名: Isomura M, Matsuura M, Usijima M, Miyata S., et al
  • 学会等名: Second JCA-AACR Special Joint Conference. The Latest Advances in Breast Cancer Research
  • 発表場所: Awaji Yumebutai International Conference Center,(Japan)
  • 年月日: 2008-06-14
• [学会発表] Genome-wide survey of genetic polymorphisms associated with cytotoxicity of paclitaxel using HapMap cell lines derived from Japanese population (2008)
  • 著者名/発表者名: Isomura M, Matsuura M, Noda T, Miki Y
  • 学会等名: Annual meeting of American Association for Cancer Research
  • 発表場所: Diego (USA)
  • 年月日: 2008-04-13
• [学会発表] A unified method for detecting single feature polymorphisms and gene expression level differences (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa H, Horiuchi Y, Harushima Y, Eguchi S, Mochizuki T, Sakaguchi T, Kurata N
  • 学会等名: Pasific Symposium on Biocomputing
  • 発表場所: Hawaii (USA)
  • 年月日: 2008-01-06
• [学会発表] Inference on biological mechanisms using an integrated phenotype prediction model (2008)
  • 著者名/発表者名: Enomoto Y, Ushijima M, Miyata S, Matsuura M
  • 学会等名: The Pacific Symposium on Biocomputing(PSB)
  • 発表場所: Hawaii (USA)
  • 年月日: 2008-01-04
• [学会発表] Bioinformatics for cancer research (2007)
  • 著者名/発表者名: 松浦正明
  • 学会等名: 第65回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜パシフィコ
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] Omicsデータを用いた治療効果予測の高精度化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 牛嶋大、宮田敏、長崎光一、三木義男、野田哲生、松浦正明
  • 学会等名: 第65回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜パシフィコ
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] 多変量解析手法を用いた表現型判定システムの構築法及び表現型規定メカニズムの推測法の検討 (2007)
  • 著者名/発表者名: 榎本友美、宮田敏、牛嶋大、松浦正明
  • 学会等名: 第65回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜パシフィコ
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] 多変量確率分布を用いたエクソンアレイデータの解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 宮田 敏、松浦正明
  • 学会等名: 第65回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜パシフィコ
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] 質量分析計データを用いた判別解析とバイオマーカー探索 (2007)
  • 著者名/発表者名: 牛嶋大、宮田敏、松浦正明
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2007-09-07
• [学会発表] SNPを考慮した遺伝子発現データ解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳,堀内陽子,春島嘉章,江口真透,望月孝子,坂口隆之,倉田のり
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2007-09-07
• [学会発表] 遺伝子座間の相互作用による生殖的隔離障壁の検出と多重性調整 (2007)
  • 著者名/発表者名: 栗木哲, 春島嘉章, 藤澤洋徳, 倉田のり
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2007-09-07
• [図書] DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実際-基礎・最新技術、臨床・創薬応用への実際から今後の展開・問題まで-(遺伝子医学MOOK10号) (2008)
  • 著者名/発表者名: 牛嶋 大、宮田 敏、松浦正明
  • 総ページ数: 401-408
  • 出版者: 株式会社メディカルドゥ
• [産業財産権] 網羅的ゲノムワイドSNP情報に基づくエピスタシス効果の探索アルゴリズム (2009)
  • 発明者名: 松浦正明、牛嶋大、磯村実, 他
  • 権利者名: 財団法人癌研究会、NECソフト株式会社
  • 産業財産権番号: 特許, 特願2009-070753
  • 出願年月日: 2009-03-23