ゲノム情報と発現形質の矛盾に着目した新規代謝経路の探索と同定

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19310126
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 跡見 晴幸 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (90243047)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: ゲノム情報 / 機能未知遺伝子 / 代謝 / 超好熱菌 / 補酵素A / Pantoate kinase / Phosphopantothenate synthetase / 始原菌

研究概要

本研究は超好熱始原菌の一種Thermococcus kodakaraensis を対象に新規代謝酵素や経路の同定を目的としたものである.アプローチとしてはゲノム情報に基づいて推定される代謝機能と実際の形質(細胞の増殖特性)の矛盾に着目して新規酵素・代謝系を探索する方法をとった.特にペントース代謝、アミノ酸合成経路や補酵素の合成経路を中心に進めた結果、糖代謝・アミノ酸代謝・脂質代謝で中心的な役割を果たす補酵素A(coenzyme A, CoA)の新しい合成ルートを発見することができた.

研究成果

• [雑誌論文] The Fur iron regulator-like protein iscryptic in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis, FEMS Microbiol (2009)
  • 著者名/発表者名: Louvel H., Kanai T, Atomi, H, Reeve JN
  • 雑誌名: Lett., Online early 10.1111/j ページ: 1574-6968
  • 査読あり
• [雑誌論文] アーケアのゲノムからみえるもの (2009)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸、福居俊昭、金井保、今中忠行
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 54 ページ: 120-126
• [雑誌論文] Polarity in archaeal operon transcription in Thermococcus kodakaraensis (2008)
  • 著者名/発表者名: Santangelo TJ, Cubonova L, Matsumi R, Atomi H, Imanaka T, Reeve JN
  • 雑誌名: J Bacteriol 190 ページ: 2244-2248
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structures of [NiFe] hydrogenase maturation proteins HypC, HypD, and HypE : insights into cyanation reaction by thiol redox signaling (2007)
  • 著者名/発表者名: Watanabe S, Matsumi R, Arai T, Atomi H, Imanaka T, Miki K
  • 雑誌名: Molecular Cell 27 ページ: 29-40
  • 査読あり
• [雑誌論文] Engineering of a type III rubisco from a hyperthermophilic archaeon in order to enhance catalytic performance in mesophilic host cells (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida S, Atomi H, Imanaka T
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 73 ページ: 6254-6261
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel ADP-forming succinyl-CoA synthetase in Thermococcus kodakaraensis structurally related to the archaeal nucleoside diphosphate-forming acetyl-CoA synthetase (2007)
  • 著者名/発表者名: Shikata K, Fukui T, Atomi H, Imanaka T
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 282 ページ: 26963-26970
  • 査読あり
• [学会発表] The rmococcus kodakaraensis の特異なペントース代謝機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: 日本Archaea 研究会発足20 周年記念講演会
  • 発表場所: 沖縄県男女共同参画センター「てぃるる」
  • 年月日: 2008-07-05
• [学会発表] Type III Rubisco とCalvin 回路の進化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: 日本農芸化学会シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 名城大学天白キャンパス
  • 年月日: 2008-03-29