リン酸化シグナルパスウェイ解析

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19310129
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 井原 茂男 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (30345136)
• 研究分担者: 浜窪 隆雄 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797) ; 南敬 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (00345141) ; 川村 猛 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (70306835) ; 大田 佳宏 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任研究員 (80436592)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• キーワード: リン酸化 / 転写複合体 / シミュレーション / プロテオミクス / 膜タンパク質複合体

研究概要

ヒト臍帯静脈上皮細胞、および脂肪前駆細胞の転写調節の動きをDNAアレイチップや機能を阻害する手法を用いて解析し、細胞内で刺激応答に起因する内在性のリン酸化状態変化を網羅的にプロテオミクスの観点からとらえることを目標にした。マイクロアレイの時系列データをもとにリン酸化シグナルパスウェイを予測し、報告者の文献情報データも含めたプロテオミクスの方法から検証し、刺激応答のリン酸化ダイナミクスに関係する遺伝子および蛋白質を選定し、シグナル伝達における細胞の反応のダイナミクスの一端を明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] PPARγ/ RXRα Heterodimer Targets Genes of Histone Modification Enzymes Setd8 and Regulates Adipogenesis through a Positive Feed-Back (2009)
  • 著者名/発表者名: Ken-ichi Wakabayashi, Masashi Okamura, Shuichi Tsutsumi, Naoko Nishikawa, Toshiya Tanaka, Iori Sakakibara, Jun-ichi Kitakami, Sigeo Ihara, Yuichi Hashimoto, Takao Hamakubo, Tatsuhiko Kodama, Hiroyuki Aburatani, and Juro Sakai
  • 雑誌名: Mechanism, Mol. Cell. Biol MCB. 01856-08v1(In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nuclear Inhibitor of Protein Phosphatase-1 (NIPP1) Directs Protein Phosphatase-1 (PP1) to Dephosphorylate the U2 Small Nuclear Ribonucleoprotein Particle (snRNP) Component, Spliceosome-associated Protein 155 (Sap155) (2008)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiro Tanuma, Sei-Eun Kim, Monique Beullens, Yao Tsubaki, Shinya Mitsuhashi, Miyuki Nomura, Takeshi Kawamura, Kyoichi Isono, Haruhiko Koseki, Masami Sato, Mathieu Bollen, Kunimi Kikuchi, and Hiroshi Shima
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 283 ページ: 35805-35814
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural dependence of robustness and load tolerance in scale-free networks
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida and Sigeo Ihara
  • 雑誌名: arXiv : 0710.2513
• [学会発表] Multiple Snapshots Obtained Using Genomic Tiling Arrays Reveal the Dynamics of Transcription in Human Umbilical (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatsuhiko Kodama, Yoshihiro Ohta, Meng Xu, Takashi Minami, Youichiro Wada, Shu-ichi Tsutsumi, Shumpei Ishikawa, Takao Hamakubo, Hiroyuki Aburatani, Peter R Cook, and Sigeo Ihara
  • 学会等名: Endothelial Cells
  • 発表場所: Sydney, Australia
  • 年月日: 20080601-05
• [学会発表] Robustness of the protein interaction network (2007)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida, Jun-ichi Kitakami, Naoko S. Nishikawa, Yoshihiro Ohta, and Sigeo Ihara
  • 学会等名: The 7th international workshop on advanced genomics
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 20071127-28
• [学会発表] Robustness analysis of network topology and node removal strategy (2007)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida, and Sigeo Ihara
  • 学会等名: European Conference on Complex Systems, Dresden
  • 発表場所: Germany
  • 年月日: 20071001-05
• [学会発表] Packet traffic analysis of interactome networks (2007)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida, Naoko S. Nishikawa, Yoshihiro Ohta, Rikako Suzuki, and Sigeo Ihara
  • 学会等名: The Conference on Interactome Networks, Welcome Trust
  • 発表場所: UK
  • 年月日: 20070829-0901
• [学会発表] High-resolution targeted proteomics of endogenousnuclear receptor comprex using high-quality immunomagnetic beads (2007)
  • 著者名/発表者名: Kenji Daigo, Takeshi Kawamura, Satoshi Katayose, Yoshihiro Ohta,Toshiya Tanaka, Sigeo Ihara, Tatsuhiko Kodama, Takao Hamakubo
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory Mechanisms of Eukaryotic Transcription meeting
  • 発表場所: Cold Spring Harbor, NY
  • 年月日: 2007-08-31
• [学会発表] Traffic efficiency of scale-free networks in biological systems. The Conference on Engineering Principles in Biological Systems (2006)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida, Jun-ichi Kitakami, and Sigeo Ihara
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory
  • 発表場所: USA
  • 年月日: 20061203-06
• [備考]
  • URL: http://www.lsbm.org/
• [備考]
  • URL: http://www.escut.org/