高性能RFHR・2D・PAGEのヒトプロテオミクス～抗癌剤抵抗性蛋白を探る

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19310132
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 株式会社吉田生物研究所 (2008-2009); 大阪医科大学 (2007)
• 研究代表者: 和田 明 株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 部門長 (80025387)
• 研究分担者: 和田 千恵子 株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 室長 (10175698) ; 上田 雅美 株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 研究員 (30512511) ; 境 晶子 大阪医科大学, 医学部, 助教 (30225750) ; 吉田 秀司 大阪医科大学, 医学部, 準教授 (60288735) ; 牧 泰史 大阪医科大学, 医学部, 講師 (60401733) ; 谷川 允信 大阪医科大学, 医学部, 教授 (00111956) ; 古谷 栄助 大阪医科大学, 医学部, 教授 (00028523)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• キーワード: 大腸癌 / 胃癌 / リボソーム / 抗癌剤抵抗性 / RFHR法 / プロテオーム / 塩基性蛋白質

研究概要

われわれが開発したRFHR 2D PAGEは分離する蛋白質に等電点の限界を持たないため、塩基性蛋白を高い定量性をもって分離できる。本研究はRFHR法を用いて大腸癌組織由来のDLD-1細胞株において抗癌剤5FU抵抗性の獲得に伴って変動する8蛋白質を同定した。さらにヒトリボソーム蛋白のstoichiometryを行った結果、各リボソーム顆粒は全79種のリボソーム蛋白のうち平均63種しか持っていないことが判った。

研究成果

• [雑誌論文] Structure of 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron microscopy (2010)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Tomoko Miyata, Yasushi Maki, Akira Wada, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Structure 18 ページ: 719-724
• [雑誌論文] Formation of 100S ribosome in Staphylococcus aureus by the hibernation promoting factor homolog SaHPF. (2010)
  • 著者名/発表者名: Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
  • 雑誌名: Genes to Cells 15 ページ: 43-58
• [雑誌論文] The involvement of a PPR protein of the P Subfamily in partial RNA editing of an Arabidopsis mitochondrial transcript. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoko Doniwa, Minoru Ueda, Masami Ueta, Akira Wada, Koh-ichi Kadowaki, Nobuhiro Tsutsumi
  • 雑誌名: Genes 454 ページ: 39-46
• [雑誌論文] Solution structure of the E. coli ribosome hibernation promoting factor HPF : Implication for the relationship between structure and function. (2009)
  • 著者名/発表者名: Akiko Sato, Takumi Watanabe, Yasushi Maki, Masami Ueta, Hideji Yoshida, Yutaka Ito, Akira Wada, Masaki Mishima
  • 雑誌名: B.B.R.C. 389 ページ: 580-589
• [雑誌論文] Proteomic analysis of the basic proteins in 5-fluorouracil resistance of human colon cancer cell line using the RFHR 2D PAGE. (2009)
  • 著者名/発表者名: Satoru Tanaka, Akiko Sakai, Kousei Kimura, Hideji Yoshida, Hideo Fushitani, Akihiko Ogata, Akiko Miyamoto, Masakazu Fukushima, Akira Wada, Nobuhiko Tanigawa
  • 雑誌名: International J. Oncology 33 ページ: 361-370
• [雑誌論文] Activities of Escherichia coli ribosomes in IF3 and RMF change to prepare 100S ribosome formation on entering the stationary growth phase. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hideji Yoshida, Masami Ueta, Akira Wada
  • 雑誌名: Genes to Cells 14 ページ: 271-280
• [雑誌論文] Wada. Role of HPF (Hibernation Promoting Factor) in translational activity in Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: Masami Ueta, Ryousuke L. Ohniwa, Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Akira Wada
  • 雑誌名: J. Biochem. 143 ページ: 425-433
• [学会発表] Structual analysis of 100S ribosome by cryoEM : tRNA binding. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Yasushi Maki, Shou Furuike, Masami Ueta, Akiko Sakai, Akira Wada, Keiichi Namba
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] Formation of 100S ribosome by HPF (hibernation promoting factor) homolog in Staphylococcus aureus. (2009)
  • 著者名/発表者名: Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] 増殖段階に依存するStaphylococcus aureusリボソームの構造変化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、吉田秀司、牧泰史、和田明
  • 学会等名: 第11回日本rna学会年会
  • 発表場所: 新潟市朱鷺メッセ
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] バクテリアの翻訳活性におけるリボソーム結合蛋白質 (2008)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド国際会議場
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] 大腸菌リボソームの休眠を促進する蛋白質hpfの構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 佐藤明子、永井義崇、渡辺拓実、上田雅美、牧泰史、伊藤隆、和田明、三島正規
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド国際会議場
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] 生物種に広く保存されているJmjCドメインを持つ大腸菌蛋白質(YcfD)機能解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 和田千恵子、白石慧、竹安邦夫、和田明、上田雅美
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド国際会議場
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] バクテリア蛋白合成におけるHPF (hibernation promoting factor)の機能解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、吉田秀司、牧泰史、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第10回日本rna学会年会
  • 発表場所: 札幌市札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2008-07-23
• [学会発表] 100sリボソームとif3の関係 (2007)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、上田雅美、牧泰史、境晶子、和田明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-14
• [学会発表] Hibernation promoting factor HPFは100Sribosome形成を促進しpolyU存在下phenylalanineの取り込みを阻害する (2007)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、大庭良介、吉田秀司、牧泰史、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-14
• [学会発表] Hibernation promoting factor HPFの翻訳における役割と系統解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、大庭良介、吉田秀司、牧泰史、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第9回日本rna学会年会
  • 発表場所: 名古屋市名古屋国際会議場
  • 年月日: 2007-07-30
• [備考]
  • URL: www.yoshidabio.co.jp