| 研究課題/領域番号 |
19360374
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
塩谷 捨明 大阪大学, 大学院・工学研究科, 教授 (50026259)
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| 研究分担者 |
片倉 啓雄 大阪大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (50263207)
仁宮 一章 大阪大学, 大学院・工学研究科, 助教 (10379125)
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| キーワード | 微生物 / 共生 / サブトラクション / 16SrRNA |
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| 研究概要 |
自然界の共生微生物群がある有用な機能を発現している場合、その鍵となる微生物が数的にメジャーであれば、従来既知の方法でその微生物の盛衰を追跡することができる。しかし、多くの場合は、鍵となる微生物は数的にマイナーなために既存の方法では検出が不可能である。そこで本研究では、鍵を握るマイナーな微生物を追跡・分離する技術を確立し、対象とする微生物集団の機能を向上させる方法論を確立する。
まず平成19年度は、マイナーな微生物を追跡するためのPopulation-Normalization by RNA Subtraction法(PNS法)を開発した。この方法の原理は以下の通りである。試料から抽出した全16SrRNAから逆転写PCRによって得られるcDNAをリガンドとして固相に固定し、試料中のメジャーな16SrRNAを除去する。メジャーな16SrRNAほどリガンド濃度が高く、除去率が高くなり、16SrRNAのポピュレーションは均一化され、Temperature Gradient Gel Electrophoresisにより16SrDNAを指標とした菌叢解析が可能となる。
本年度は、まずモデルとして用いた16SrRNAの可変領域のうち、最も短いVlまたはV5領域を増幅し、そのアンチセンス鎖を磁気ビーズに固定し、PCRに用いた共通配列部分を相補鎖でマスクすることによってNormalization用のアフィニティ担体を調製した。サンプルから抽出したRNAをこのアフィニティ担体と反応させることによって、メジャーなのRNAを除去することができた。
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